changement de config file

[jorondo1]

Salut, j'essaie de lancer kraken en utilisant mon ancien config file et ça ne fonctionne pas avec les nouveaux scripts. J'imagine que les variables ont changé alors j'essaie d'aller chercher le nouveau config file, j'en ai trouvé un ici /project/def-ilafores/common/ILL_pipelines/metawrap_custom/my.example.config mais il est presque vide, je ne vois pas les paramètres kraken.

Est-ce que je peux rouler le module taxonomy kraken indpéendamment ou c'est tout rendu automatisé?

[jflucier]

non pu besoin de config file.

jai documente tout ca dans la page d'acceuil du projet: https://github.com/jflucier/ILL_pipelines#Run-Kraken2-taxonomic-profile

[jorondo1]

j'ai testé exactement ceci et ça plante, je n'arrive même pas à avoir un log:

cd /nfs3_ib/ip29-ib/ip29/ilafores_group/projet_PROVID19

bash $ILL_PIPELINES/generateslurm_taxonomic_profile.sample.sh --sample_tsv preprocess/taxonomic_profile.sample.tsv --out taxKB_test

sbatch --array=1-54 taxKB_test/taxonomic_profile.samples.slurm.sh

[jflucier]

il te manque les full path a ton call:

voici un exemple:

bash $ILL_PIPELINES/generateslurm_taxonomic_profile.sample.sh \
--sample_tsv $PWD/preprocess/taxonomic_profile.sample.tsv \
--out /project/def-ilafores/analysis/test/taxonomic_profile \
--slurm_email "youremail@yourdomain.ca"

sbatch --array=1 /project/def-ilafores/analysis/test/taxonomic_profile/taxonomic_profile.samples.slurm.sh

[jorondo1]

ok j'adore thanks!