assembly échantillon GQ35 (array=4)

[jorondo1]

Il me manque un échantillon qui n'a pas assemblé, je viens d'essayer et j'ai le message suivant:

FATAL:   could not open image /nfs3_ib/ip29-ib/ip29/ilafores_group/projet_PROVID19/ILL_pipelines/containers/metawrap.1.3.sif: failed to retrieve path for /nfs3_ib/ip29-ib/ip29/ilafores_group/projet_PROVID19/ILL_pipelines/containers/metawrap.1.3.sif: lstat /nfs3_ib/ip29-ib/ip29/ilafores_group/projet_PROVID19/ILL_pipelines/containers/metawrap.1.3.sif: no such file or directory

J'ai lancé avec la commande suivante sbatch --array=4 /nfs3_ib/ip29-ib/ip29/ilafores_group/projet_PROVID19/denovo_assembly/assembly_bin_refinement.metawrap.slurm.sh

une idée qu'est-ce qui se passe?

[jflucier]

hmmm.... ya de quoi de bizarre. As-tu generer le script slurm de cette facon?

export ILL_PIPELINES=/project/def-ilafores/analysis/test/ILL_pipelines

bash $ILL_PIPELINES/generateslurm_assembly_bin_refinement.metawrap.sh \
--sample_tsv $PWD/preprocess/taxonomic_profile.sample.tsv \
--out /project/def-ilafores/analysis/test/ \
--slurm_email "email@domain.ca" \
--assembly --binning --refinement

[jorondo1]

J'ai réessayé avec exactement la commande que tu me donnes, j'ai la même erreur... voici le log /nfs3_ib/ip29-ib/ip29/ilafores_group/projet_PROVID19/denovo_assembly/logs/assembly_bin_refinement-84961_4.slurm.out

je travaille à partir d'une copie du repo /nfs3_ib/ip29-ib/ip29/ilafores_group/projet_PROVID19/ILL_pipelines/

[jflucier]

l'image metawrap.1.3.sif n'est pas sur git hub car c'est trop lourd (5.5G) et doit etre regen a partir la recette dans /project/def-ilafores/common/ILL_pipelines/containers/metawrap.1.3.def

Cette etape prend bcp de temps. Question, pk tu travaille sur une copie? Si tu fait ca, c'est mieux que tu te creer une branche pour developper dedans

Vu que generer l'images prend du temps, je te suggere de copier directement l'image dans ton dossier /ip29/ilafores_group/projet_PROVID19/ILL_pipelines/containers/

cp /project/def-ilafores/common/ILL_pipelines/containers/metawrap.1.3.sif /ip29/ilafores_group/projet_PROVID19/ILL_pipelines/containers/

[jorondo1]

D'ac je comprends. J'ai copié parce que j'avais besoin de tester un nouveau paramètre sur Kraken. Je vais devoir intégrer ce paramètre au pipeline alors je vais en profiter pour me pratiquer à travailler avec une branch et faire un commit, j'ai pas encore fait tout le processus. On s'en reparle à notre meeting!