search

jflucier / ILL_pipelines

Isabelle Laforest-Lapointe Laboratory code
0 stars 1 forks source link

metaWRAP kraken module #5

Closed jorondo1 closed 2 years ago

jorondo1 commented 2 years ago

dans metaWRAP, on pourrait utiliser le module kraken complet tel qu'utilisé dans humann, donc incluant Bracken avant KronaTools. La seule différence c'est qu'on aura pas besoin de créer une bugs-list custom.

On pourrait quand même intégrer le script pour créer la table complète de taxonomie en utilisant tous les samples?

jflucier commented 2 years ago

par termine de tester metawrap mais voici le pipleine, jai teste jusqua l'etape de reassembly (le reste en cours).

voir ici

En resume, presentement les etapes sont comme suit:

  1. kneaddata
  2. metawrap assembly
  3. metawrap binning with checkM
  4. metawrap bin refinement
  5. metawrap bin reassembly
  6. metawrap bin classification
  7. metawrap bin annotation

Selon mes tests sur un echantilllon le pipeline prendra environ 1-2 jours d'execution. L'etape binning tourne pendant 9h pour les tests que jai fait. En fait c'est une etape de checkM durant el binning qui ralenti le truc car ca roule a un seul thread car chaque thread bouffe env 40GB de ram selon la doc.

Tu aimerais donc que je modifie le pipeline comme suit:

  1. kneaddata
  2. kraken2
  3. bracken pour tout les niveau de taxonomie
  4. metawrap assembly
  5. metawrap binning with checkM
  6. metawrap bin refinement
  7. metawrap bin reassembly
  8. metawrap bin classification
  9. metawrap bin annotation

C'est bien ca? Faut savoir que ceci va ajoute du temps d'execution a la job.

jorondo1 commented 2 years ago

En fait, kraken/brakcen se passent sur les reads et les contigs, mais c'est indépendant des autres modules (sauf contigs qui requiert assembly avant). C'est indépendant dans le sens que ça peut être fait en parallèle du reste, rien ne dépend de l'output kraken/bracken.

Je sais pas comment tu montes le config, mais est-ce qu'on pourra spécifier quels modules on veut faire rouler ? ou est-ce qu'on va manuellement partir chaque module?

on peut s'appeler pour jaser de la meilleure stratégie si tu veux

jorondo1 commented 2 years ago

mon commentaire original voulait surtout dire qu'on a pas besoin de réécrire un nouveau script kraken/bracken, on peut réutiliser celui du pipeline humann

jflucier commented 2 years ago

plus simple de copie coller au script metawrap

pour etre certain, faudrait se parler direct avant de faire ce changement.

jorondo1 commented 2 years ago

ok es-tu dispo lundi 13h ou mercredi am ?