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jflucier / ILL_pipelines

Isabelle Laforest-Lapointe Laboratory code
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output basename humann script #50

Closed jorondo1 closed 1 year ago

jorondo1 commented 1 year ago

j'essaie de rouler le script humann en mode nt seulement pour faire des tests (pas sur les noeuds)

est-ce qu'il y a une raison pourquoi le script a une variable $sample et une $__sample ? ça me cause un bug car humann demande un --output-basename (ici) et cette variable n',est pas définie dans ce script.

Je suis en train de travailler sur une branche de ce script donc s'il faut remplacer tous les __sample par sample let me know je peux m'en occuper

jflucier commented 1 year ago

patch done

commit id dfadba3

jorondo1 commented 1 year ago

cool merci, est-ce que je peux merge ça avec la branche sur laquelle je travaille en ce moment sans perdre mes modifs? C'est quoi la manière la plus efficace?

jflucier commented 1 year ago

assure toi d'etrte dans ta branche

$ git status
On branch ta_branche
....

ensuite:

git merge main

jai rarement fait ce chemin inverse.... ca devrait etre bon.