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jflucier / ILL_pipelines

Isabelle Laforest-Lapointe Laboratory code
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sourmash code pas up to date sur mp2? #52

Closed jorondo1 closed 1 year ago

jorondo1 commented 1 year ago

je crois que mp2 n'a pas laa dernière version de ce code. J'essaie de debugger qqch mais je réalise par exemple que cette ligne n'est pas la même que dans /project/def-ilafores/common/ILL_pipelines/generateslurm_sourmash.sh (où le path finit par /SM_db)

la bonne version est celle sur le repo

jflucier commented 1 year ago

je check ca bientot

va falloir migrer vers le nouveau serveur de bio. On a acces a un container avec 800G ram et 92 cpu

jflucier commented 1 year ago

done

jorondo1 commented 1 year ago

Merci ! Côté migration est-ce que ça implique quelque chose de mon côté? Ça se ferait quand? Est-ce que ça impacte la structure de nos scripts ou tout reste pareil?

jflucier commented 1 year ago

le code reste pareil mis a part quil faudrait change quelques valeurs defini par defaut je crois

c'est les dependance comme les soft et environment quil va falloir reinstaller.

de ton cote ca implique rien. Je vais m'occupe de ca

Je te dirai lorsque c fait