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jflucier / ILL_pipelines

Isabelle Laforest-Lapointe Laboratory code
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MAG Functional Annotation #54

Closed jorondo1 closed 1 year ago

jorondo1 commented 1 year ago

Le but est d'obtenir une table de module completeness pour chacun de nos nrMAGs.

Je pensais m'en tirer seulement avec MicrobeAnnotator, mais l'étude à laquelle on se fie depuis un bout pour monter le pipeline a roulé le module annotate_bins de metaWRAP, et utilise les protéines identifiées comme input dans MicrobeAnnotator. Voir leurs commandes ici.

On veut utiliser MicrobeAnnotator en saveur régulière, donc avec 4 db (kofam, SwissProt, Trembl et RefSeq).

jorondo1 commented 1 year ago

Note: si tu peux mettre celui-ci en priorité, Rosaelle en aurait besoin le plus tôt possible.

jflucier commented 1 year ago

Je suis ent rain de builder la bd MicrobeAnnotator dans /fast/def-ilafores/MicrobeAnnotator_DB sur ip34.ccs.usherbrooke.ca

J'ai cree avec l'index de diamond

newgrp def-ilafores
# call MA
singularity exec --writable-tmpfs -e \
  -B /home:/home \
  -B /fast:/fast \
  /home/def-ilafores/programs/ILL_pipelines/containers/microbeannotator.sif \
  microbeannotator_db_builder -t 40 --no_aspera \
  -d /fast/def-ilafores/MicrobeAnnotator_DB \
  -m diamond

reste a faire les wrapper scripts pour la soumission slurm.

je reping des que c'est fait