jflucier / ILL_pipelines

Isabelle Laforest-Lapointe Laboratory code
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Schéma dry-pipe #57

Open jorondo1 opened 1 year ago

jorondo1 commented 1 year ago

Voici! Avec en rouge ce qui pourrait se retrouver dans le config file. Y'a juste les outils post-nrMAGs que je connais moins pour l'instant, je ne sais pas s'il y a des options là-dedans qu'on voudrait pouvoir modifier.

Bildschirm­foto 2023-03-06 um 10 24 32 AM

ref #55

jflucier commented 1 year ago

@jorondo1

dans un des mails:

On a aussi la 51 je l'ai utilisée pour mon projet, je veux utiliser Genbank k51 je la vois dans /fast/def-ilafores (y'a plusieurs fichiers)

Servus, Jonathan

dans le schema de l'issue: gtdb-rs207

jai mis par defaut le genbank tel que specifier par email

jorondo1 commented 1 year ago

t'as raison, c'était une erreur, c'est bien genbank k51 qu'on veut (celle qu'on a déjà dans les dossiers, qui a une db pour chaque: bacteria, viral, etc.)