assembly: certains samples ne démarrent pas sur les noeuds

[jorondo1]

Je relaunch l'assembly pour moss (pas en co-assembly cette fois) et plusieurs samples ne démarrent même pas sur les noeuds; ex. pour les array 1 et 2, et 34-140 je n'ai même pas de log généré. J'ai ajouté l'ouptput d'erreur #SBATCH -e ..slurm.err et rien n'est généré non plus. As-tu une idée qu'est-ce qui pourrait causer un problème comme ça? difficile sans traces d'erreur...

sbatch --array=1-140 /net/nfs-ip34/home/def-ilafores/analysis/boreal_moss/assembly/assembly_bin_refinement.metawrap.slurm.sh

Quand je roule le de ce script (la commande metawrap) ça fonctionne, mais je pense que ça ne se rend même pas là sur les noeuds parce qu'aucun log n'est généré pour ces arrays.

[jflucier]

tu semble avoir des jobs qui tourbne en ce moment et les log se peulple on dirait

ce ticket est toujour valide?

[jflucier]

ok je comprend... juste certaines jobs plantent

[jflucier]

ok jai trouver, ne pas prendre le path /net/nfs-ip34/.....

prendre plutot /nfs3_ib/nfs-ip34/....

pour une raison toujours inconnu, le path /net ne fonctionne pas sur les noeuds

jai regen le script avec cette commande:

export ILL_PIPELINES=/nfs3_ib/nfs-ip34/home/def-ilafores/programs/ILL_pipelines
cd /nfs3_ib/nfs-ip34/home/def-ilafores/analysis/boreal_moss/assembly
bash $ILL_PIPELINES/generateslurm_assembly_bin_refinement.metawrap.sh \
--sample_tsv /nfs3_ib/nfs-ip34/home/def-ilafores/analysis/boreal_moss/preproc/clean_samples.tsv \
--out /nfs3_ib/nfs-ip34/home/def-ilafores/analysis/boreal_moss/assembly \
--slurm_email "ronj2303@usherbrooke.ca" \
--refinement_min_compl 50 --refinement_max_cont 10

jai aussi regen ton fichier /nfs3_ib/nfs-ip34/home/def-ilafores/analysis/boreal_moss/preproc/clean_samples.tsv avec un sed pour remplacer les /net et ca fonctionne.

sbatch --array=1-... /nfs3_ib/nfs-ip34/home/def-ilafores/analysis/boreal_moss/assembly/assembly_bin_refinement.metawrap.slurm.sh

[jorondo1]

génial merci !!