erreur annotation pipeline

[jorondo1]

J'ai essayé de rouler bash $ILL_PIPELINES/scripts/annotate_bins.sh -o assembly_60_taxonomy -drep assembly_60_bins/drep_genomes/dereplicated_genomes Prokka fonctionne, mais après microbeannotator plante:

real    32m55.563s
user    250m4.749s
sys     43m46.025s
bind_path=/temp
ma_db_bind=/cvmfs
out_bind=/
Will run microbeannotator using 12 precoesses and 2 threads
WARNING: skipping mount of /temp: stat /temp: no such file or directory
WARNING: Skipping mount /etc/localtime [binds]: /etc/localtime doesn't exist in container
FATAL:   container creation failed: mount hook function failure: mount /temp->/temp error: while mounting /temp: mount source /temp doesn't exist

Pour l'instant j'ai vraiment juste besoin de rouler gtdb-tk, je vais fouiller dans le code pour la commande, mais je voulais t'aviser quand même

[jorondo1]

J'essaie de monter une commande à la main à partir de ton code mais je n'arrive pas à le démarrer (je ne suis pas familier avec singularity)

export PARENT_DIR=/nfs3_ib/nfs-ip34/home/def-ilafores/analysis/projet_PROVID19
gtdb_db="/cvmfs/datahub.genap.ca/vhost34/def-ilafores/GTDB/release207_v2"

mkdir -p assembly_60_gtdbtk

singularity exec --writable-tmpfs -e \
--env GTDBTK_DATA_PATH=$gtdb_db \
-B $gtdb_db:$gtdb_db \
-e /nfs3_ib/nfs-ip34/home/def-ilafores/programs/ILL_pipelines/containers/gtdbtk.2.2.5.sif \
gtdbtk classify_wf --cpus 32 \
--genome_dir $PARENT_DIR/assembly_60_bins/drep_genomes/dereplicated_genomes \
--out_dir $PARENT_DIR/assembly_60_gtdbtk \
--mash_db $gtdb_db \
--extension fa

ça génère:

[2023-09-06 09:29:35] INFO: GTDB-Tk v2.2.5
[2023-09-06 09:29:35] INFO: gtdbtk classify_wf --cpus 32 --genome_dir /nfs3_ib/nfs-ip34/home/def-ilafores/analysis/projet_PROVID19/assembly_60_bins/drep_genomes/dereplicated_genomes --out_dir /nfs3_ib/nfs-ip34/home/def-ilafores/analysis/projet_PROVID19/assembly_60_gtdbtk --mash_db /cvmfs/datahub.genap.ca/vhost34/def-ilafores/GTDB/release207_v2 --extension fa
[2023-09-06 09:29:35] INFO: Using GTDB-Tk reference data version r207: /cvmfs/datahub.genap.ca/vhost34/def-ilafores/GTDB/release207_v2
[2023-09-06 09:29:35] ERROR: Input directory does not exist: /nfs3_ib/nfs-ip34/home/def-ilafores/analysis/projet_PROVID19/assembly_60_bins/drep_genomes/dereplicated_genomes
[2023-09-06 09:29:35] ERROR: Controlled exit resulting from an unrecoverable error or warning.

pourtant ce directory existe et contient mes génomes. As-tu une idée pour rouler gtdb-tk ?

[jorondo1]

oublie ça j'ai réussi ! mes tmp folder étaient mal définis. J'ai aussi réussi à rouler mash standalone.

[jflucier]

PTI, l'option -B de singularity defini des bind path entre le serveur et le container singularity, donc tu dois ajouter un bind path pour que ca marche:

singularity exec --writable-tmpfs -e \
--env GTDBTK_DATA_PATH=$gtdb_db \
-B $gtdb_db:$gtdb_db \
-B /nfs3_ib/nfs-ip34/home/def-ilafores:/nfs3_ib/nfs-ip34/home/def-ilafores \
-B $PARENT_DIR:$PARENT_DIR \
-e /nfs3_ib/nfs-ip34/home/def-ilafores/programs/ILL_pipelines/containers/gtdbtk.2.2.5.sif \
gtdbtk classify_wf --cpus 32 \
--genome_dir $PARENT_DIR/assembly_60_bins/drep_genomes/dereplicated_genomes \
--out_dir $PARENT_DIR/assembly_60_gtdbtk \
--mash_db $gtdb_db \
--extension fa

comprend pas trop ton truc de mash vs gtdbtk. On va modifier le pipeline d'annotation de bin?