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jflucier / ILL_pipelines

Isabelle Laforest-Lapointe Laboratory code
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problems avec Maxbin #64

Closed jorondo1 closed 11 months ago

jorondo1 commented 1 year ago

Salut, sur la centaine de samples que j'ai assemblé (moss) j'en ai seulement unne dizaine qui réussissent le binning.

l'erreur semble être associée à Bowtie:

readline() on closed filehandle FILE at /miniconda3/envs/metawrap-env/bin/run_MaxBin.pl line 1336.
Cannot run Bowtie2. Please indicate the file directory in 'setting' file.

voir /nfs3_ib/nfs-ip34/home/def-ilafores/analysis/boreal_moss/assembly/logs/assembly_bin_refinement-1669070_39.slurm.out

j'ai cette erreur dans une soixantaine de logs. As-tu une idée de la cause?

jflucier commented 1 year ago

jai modifie de quoi au call de singularity binning, peuxtu retester ca stp