On passe déjà les paired-end inutilisés par spades à Megahit, mais on peut ajouter les unpaired aussi à Megahit, voir la troisième commande dans cet exemple:
https://github.com/voutcn/megahit#basic-usage
donc ça serait d'ajouter -r ${sample}_unmatched_1.fastq,${sample}_unmatched_2.fastq si je comprends bien la syntaxe.
On passe déjà les paired-end inutilisés par spades à Megahit, mais on peut ajouter les unpaired aussi à Megahit, voir la troisième commande dans cet exemple: https://github.com/voutcn/megahit#basic-usage
donc ça serait d'ajouter
-r ${sample}_unmatched_1.fastq,${sample}_unmatched_2.fastqsi je comprends bien la syntaxe.