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jflucier / ILL_pipelines

Isabelle Laforest-Lapointe Laboratory code
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GUNC #67

Closed jorondo1 closed 11 months ago

jorondo1 commented 11 months ago

Dans le pipeline d'assemblage du EBI on utilisait cet outil pour détecter les bins chimériques ou contaminés. Est-ce que tu pourrais m'installer ça? https://github.com/grp-bork/gunc

La commande ressemblerait à ça: gunc run -t 4 -i ${bin_fa} --db_file gunc_db_2.0.4.dmnd -o ${bin_fa}_gunc

jflucier commented 11 months ago

quel bd tu veux?

Which db to download. progenomes,gtdb Default: progenomes

jorondo1 commented 11 months ago

progenomes

jflucier commented 11 months ago

done

pour utiliser faire ceci:

module load apptainer
export APPTAINER_BIND=/home:/home,/fast:/fast
singularity exec -e /home/def-ilafores/programs/gunc_1.0.5.sif gunc run ...

jai telecharge la bd dans /fast/def-ilafores/gunc_db/

enjoy!

jorondo1 commented 11 months ago

sic merci beaucoup!