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jflucier / ILL_pipelines

Isabelle Laforest-Lapointe Laboratory code
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problème persistant compute node copy reached max of 5 parralel copy, will wait 15 sec... #68

Closed jorondo1 closed 11 months ago

jorondo1 commented 1 year ago

ça recommence ... mes samples ont run 24h et toujours rien, voir /nfs3_ib/nfs-ip34/home/def-ilafores/analysis/boreal_moss/coassembly/logs/assembly_bin_refinement-1680537_11.slurm.out

je viens de delete le .throttle folder dans coassembly/ mais ça semble pas régler le problème peux-tu vérifier ça? et launch sbatch --array=11-16,26,29-34,36,41-50 /nfs3_ib/nfs-ip34/home/def-ilafores/analysis/boreal_moss/coassembly/assembly_bin_refinement.metawrap.slurm.sh je ne peux plus me permettre d'attendre ça fait trop longtemps que le projet stall

merci!

jorondo1 commented 1 year ago

bon j'ai parlé trop vite, mon deuxième essai est parti après quelques minutes ça serait quand même bon de ne pas avoir à penser à flusher le throttle à chaque fois éventuellement

jflucier commented 1 year ago

ok je vais checker pour patcher ca.

jflucier commented 1 year ago

jai pense a ca et je vois aucune facon de faire le cleanup du throttle lors d'un scancel

le mieux serait de faire un cleanup quand on genere le script sbatch avec un des script generateslurm*

mais c pas solide comme solution... ca regle pas le scancel.

jflucier commented 11 months ago

jai appliquer une patch qui potentiellement va resoudre le probleme lorsqun scancel est fait. Ce serait a tester et reouvrir un issue si ca fonctionne pas.