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jflucier / ILL_pipelines

Isabelle Laforest-Lapointe Laboratory code
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problème persistant compute node copy reached max of 5 parralel copy, will wait 15 sec... #68

Closed jorondo1 closed 9 months ago

jorondo1 commented 11 months ago

ça recommence ... mes samples ont run 24h et toujours rien, voir /nfs3_ib/nfs-ip34/home/def-ilafores/analysis/boreal_moss/coassembly/logs/assembly_bin_refinement-1680537_11.slurm.out

je viens de delete le .throttle folder dans coassembly/ mais ça semble pas régler le problème peux-tu vérifier ça? et launch sbatch --array=11-16,26,29-34,36,41-50 /nfs3_ib/nfs-ip34/home/def-ilafores/analysis/boreal_moss/coassembly/assembly_bin_refinement.metawrap.slurm.sh je ne peux plus me permettre d'attendre ça fait trop longtemps que le projet stall

merci!

jorondo1 commented 11 months ago

bon j'ai parlé trop vite, mon deuxième essai est parti après quelques minutes ça serait quand même bon de ne pas avoir à penser à flusher le throttle à chaque fois éventuellement

jflucier commented 11 months ago

ok je vais checker pour patcher ca.

jflucier commented 11 months ago

jai pense a ca et je vois aucune facon de faire le cleanup du throttle lors d'un scancel

le mieux serait de faire un cleanup quand on genere le script sbatch avec un des script generateslurm*

mais c pas solide comme solution... ca regle pas le scancel.

jflucier commented 9 months ago

jai appliquer une patch qui potentiellement va resoudre le probleme lorsqun scancel est fait. Ce serait a tester et reouvrir un issue si ca fonctionne pas.