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jflucier / ILL_pipelines

Isabelle Laforest-Lapointe Laboratory code
0 stars 1 forks source link

global software dependencies #8

Closed jorondo1 closed 2 years ago

jorondo1 commented 2 years ago

j'ai test
bash ${HUMANN_CUSTOM_INSTALL}/01_make_custom_buglist_input.sh my.example.config

et je reçois `## Checking global software dependencies

bowtie2 could not be found

Please install bowtie2 and and put in PATH variable

export PATH=/path/to/bowtie2:$PATH

` est-ce que la définition des chemins vers les software devrait être dans le config ?

jflucier commented 2 years ago

oui, C'est pour s'assurer que tout est ok dans l'environnement avant d'envoye la job sur les noeuds

module load bowtie2

jflucier commented 2 years ago

module load StdEnv/2020 gcc/9 python/3.7.9 java/14.0.2 mugqic/bowtie2/2.3.5 mugqic/samtools/1.14

jorondo1 commented 2 years ago

ok faaudrait pas aussi mettre les module load de kraken, humann etc ?

je vois des module load ailleurs dans les codes ex. ici mais le check_global_environment.sh est exécuté avant (peut-être que je comprends pas l'ordre des trucs aussi...)

jflucier commented 2 years ago

ouin c un bug introduit avec les changements.

je vais enleve le chec de samtools et bowtie.

jflucier commented 2 years ago

done