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jigongjun / Neuroimaging-and-Neuromodulation

Toolbox for fMRI and TMS
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Error using WhitterMatter implemented in Ubuntu Matlab #3

Open LenJKiang opened 1 year ago

LenJKiang commented 1 year ago

季老师 您好! 我在Ubuntu Matlab 2020b测试WhiteMatter时, 在剥头皮步骤出现报错, 错误信息如下 BET the T1 image... Starting parallel pool (parpool) using the 'local' profile ... Connected to the parallel pool (number of workers: 8). sh: 0: cannot open /home/username/MATLAB: No such file

但是, 我在Windows时是可以正确跑完整个sMRI的预处理的. BET the T1 image... Chris Rorden's dcm2nii :: 12 12 2012 reading preferences file E:\NEUROIMAGE\SOFTWARE\WHITEMATTER\DCM2NII\TMSDCM2IMG.INI Adjusting NIfTI/Analyze image E:\Neuroimage\MyExample\T1Img\subj001\ac_coT1.nii.gz Changing subformat of E:\Neuroimage\MyExample\T1Img\subj001\ac_coT1.nii.gz

除了Ubuntu上还加载了FSL的安装包, Ubuntu Matlab上加载的包和Windows Matlab加载的包都是一样,
这个问题我找不出原因. 望您拨冗答疑, 不胜感激!

另外还有个问题, WhiteMatter对于Working Directory的设置: 我将数据整理成DPARSF可以接受的形式, 但无论我选择的路径是我的设置/My/Data/Path/, 还是/My/Data/Path/FunRaw, 都会出现报错. 报错信息如下: DataDir = 'E:\Neuroimage\ExampleData' inifd = 'FunRaw' cc = 空的 0×0 char 数组 函数或变量 'ListSubj' 无法识别。 出错 WhiteMatter>phbWorkDir_Callback (第 400 行) ListSubj(AnalysisDir);

根据源代码, 我在创建一个文本文件/My/Data/Path/SubjList.txt里面存放被试编号才能正常运行.

LenJKiang commented 1 year ago

此外, 您之前在manual里提供的网址似乎服务器出现了一些问题安徽省神经精神疾病与心理健康协同创新中心, 打不开了

jigongjun commented 1 year ago

/My/Data/Path/FunRaw 这种选择起始文件夹 是对的，SubjList.txt是选择起始文件夹后自动生成的，不需要手动设置

jigongjun commented 1 year ago

软件 没在ubuntu下测试过哦