Тебе нужно определить 3 класса - Jii.sql.sqllite.Connection, Jii.sql.sqlite.QueryBuilder, Jii.sql.sqlite.Schema. Именно с такими именами, именно в этом неймспейсе. Зачем ты BaseActiveRecord определил - вообще не понятно. В рамках тикета #3 вообще его трогать не нужно, достаточно QueryBuilder чтоб работал, т.к. ActiveRecord на нем и работает.
Методы и свойства нужно определять по-другому, у тебя сейчас все в функции init() делается, нужно классовый подход. Посмотри примеры библиотеки https://github.com/affka/neatness - именно она используется для регистрации классов. Ну или любой другой код в Jii.
insert_ignore, group_by, comma_separated_arguments... Во-первых, этих методов вообще нет в Yii, во-вторых, тебе их не нужно определять, т.к. они уже есть все.
В общем, что-то совсем не то.. Постучись ко мне в скайп, я подробней расскажу - affka.kras
add two classes for mysql active record without doc