search

jkarolczak / ligand-classification

Project examing sparse deep learning architectures for ligand classification.
3 stars 0 forks source link

implement PCA transofrm (and tests!!!!) #68

Closed wtaisner closed 2 years ago

wtaisner commented 2 years ago

a wise man once said:

Jako ciekawy test można wziąć dwa bloby tej samej cząsteczki i sprawdzić czy ich różnica jest mniejsza po ustandaryzowaniu obu (assert diff(b1, b2) > diff(rotated_b1, rotated_b2)) gdzie diff to pewnie np.sum(b1-b2)

as well as

My to robiliśmy na piechotę, bo na piechotę liczyliśmy macierz kowariancji, ale Państwą mogą skorzystać pewnie z jakiegoś PCA czy SVD i powinno wyjść to samo

eigenvalues, eigenvectors = np.linalg.eig(covariance)