search

jo-mueller / Slice2Volume

Script that registers Histology slices to volumetric image data
BSD 3-Clause "New" or "Revised" License
11 stars 1 forks source link

Allen Brain Atlas #15

Closed Theresa-S closed 4 years ago

Theresa-S commented 4 years ago

Zu der Verfügbarkeit des Allen Mouse Brain Atlas gibt es folgenden Forumsbeitrag: https://community.brain-map.org/t/mouse-brain-volume/105

Die nrrd Dateien sind dann hier zu finden: http://download.alleninstitute.org/informatics-archive/current-release/mouse_ccf/annotation/ccf_2017/

Der nächste Schritt ist, zu testen ob man das nrrd statt des CT Volumens für die Registrierung verwenden kann. Ich versuche es sobald wie möglich zu testen, wenn wer eher Zeit und Lust hat, viel Spaß :-)

Theresa-S commented 4 years ago

Hier die Annotiationen dazu sind hier (hoffentlich): http://api.brain-map.org/api/v2/structure_graph_download/1.xml

Tests am Besten mit der 100 µm Auflösung ausführen. Achtung, ein Color value in dem Datensatz ist total seltsam (ungefähr e hoch unendlich^^), deswegen sieht er beim Reinladen in ImageJ auch seltsam aus. Es sind aber tatsächlich alle Regionen drin.

Ich kann dem Bearbeiter gerne den konturierten Atlas schicken (enthält keinen Bulbus, der ist im Originalatlas, aber nicht in unserer Histo)

jo-mueller commented 4 years ago

Ich hab's jetzt eigentlich ganz solide hinbekommen :) Also zumindest die registrierung von ratio-maps auf die Atlas-Maske. Als nächstes müsste man mal ein Python-Script schreiben dass atlas-regionen und histo-readout in eine Tabelle packt.

Theresa-S commented 4 years ago

Läuft bei mir nicht so ganz... Ich fange wegen der Orientierung nochmal ein neues Issue an :-)

Theresa-S commented 4 years ago

Alternativer Atlas (verwendet von DZNE Kooperationspartnern): https://wiki.mouseimaging.ca/display/MICePub/Mouse+Brain+Atlases http://repo.mouseimaging.ca/repo/DSURQE_40micron_nifti/

jo-mueller commented 4 years ago

works with Atlas now :) you can even add/remove specific areas from the Atlas!