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jo-mueller / Slice2Volume

Script that registers Histology slices to volumetric image data
BSD 3-Clause "New" or "Revised" License
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Volumetric Data - Orientation #17

Open Theresa-S opened 4 years ago

Theresa-S commented 4 years ago

Am Ende wollen wir die 2D Daten nicht nur aufs CT registrieren, sondern auf ein beliebiges 3D Volumen --> CT, MRT oder Brain Atlas. Beim Testlauf gab es sehr große Verwirrung mit der Orientierung.

Das Skript geht denke ich (läuft noch nicht) davon aus, dass das 3D.nrrd file in coronaler Richtung vorliegt und beim Reslice Befehl eine horizontale Ausrichtung hat, bei der die Schnauze der Maus nach unten zeigt. Das ist aber leider nicht immer der Fall, je nach Datensatz und eventuell sogar je nach Computer (?).

Beispiel CT vs. Atlas (gleicher Reslice Befehl):

grafik

Theresa-S commented 4 years ago

Orientation.pdf

Ein Bild sagt mehr als 1000 Worte ;-)

jo-mueller commented 4 years ago

Also im Allen Atlas steht die Orientierung leider nicht in den metadaten das wird eine automatische Ausrichtung wahrscheinlich knifflig machen :/

Theresa-S commented 4 years ago

--> WaitforUser()