jo-mueller / Slice2Volume

Script that registers Histology slices to volumetric image data
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Weighted interpolation #19

Open jo-mueller opened 4 years ago

jo-mueller commented 4 years ago

@schneidorlein Je nachdem woran du gerade sitzt würde ich für die Interpolation am Ende noch eine weitere Verbesserung anregen:

Gerade werden im registrierten Stack einfach benachbarte Schichten interpoliert und in den output Stack reinkopiert. Je nachdem wieviele leere Schichten durch die Interpolation aufgefüllt werden müssen, ist das aber problematisch: Wenn bspw. 3 leere Schichten zwischen zwei Schichten mit histodaten liegen, muss die Interpolation die Nähe zur jeweils nächsten Schicht berücksichtigen.

Man könnte das lösen, indem man beim Mitteln die beiden gemittelten Schichten mit ihrem jeweiligen Abstand zur nächsten Schicht gewichtet. Bei drei leeren Schichten bzw. Schichtabstand n=4 ( ... | Bild i | leere Schicht | leere Schicht | leere Schicht | Bild i+1 | ...) müssten die Schichten also folgendermaßen aufgefüllt werden: Bild i | [(n- 1) Bild i + (n- 3) Bild i+1]/(2n) | [(n- 2) Bild i + (n- 2) Bild i+1]/(2n) | [(n- 3) Bild i + (n- 1) Bild i+1]/(2*n) | Bild_i+1

Meinst du du könntest das noch einbauen?