jo-mueller / Slice2Volume

Script that registers Histology slices to volumetric image data
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40x to 10x (Bonus level) #9

Open Theresa-S opened 4 years ago

Theresa-S commented 4 years ago

Liebe alle,

ein von Johannes vorgeschlagener nächster Schritt ist die Implementierung von 40x Aufnahmen (höhere Auflösung, dafür nur Subregionen statt dem ganzen Schnitt) in die Registrierungspipeline. Ich habe wie besprochen im Image.sc Forum eine Topic geöffnet, ob man aus Zen (der Mikroskopsoftware) die Metadaten der Objektträger extrahieren kann. Falls das Thema mal relevant wird: https://forum.image.sc/t/zen-metadata-for-registration/36382 Hoffentlich kommt auch sinnvoller Input^^

Theresa-S commented 4 years ago

Ich habe heute für ein anderes Macro ein paar Zeilen geschrieben, um die x-y Position der Bildmitte aus den czi Dateien zu extrahieren. Der Code befindet sich momentan im dev branch