Vaccination Type Structured

maennchen commented 2 years ago

Is your feature request related to a problem? Please describe.

When exporting / filtering vaccination failures, two vaccinations are assumed to be the minimum to be vaccinated fully. THis is not correct in all cases.

Describe the solution you'd like

[x] @St-Annette Create List of vaccinations and rules to be seeded and migrated
[x] ~~Create Vaccination Type Model / Admin Views for management~~
- Name
- Vaccination Count needed for validity
- Lifetime for boosters?
[x] Vaccination Types are static and must be changed via a code change
[x] Allow selection of vaccine-type in vaccination forms instead of text field.
- Allow selection of "other" that then displays a text field.
[x] Migrate existing Data into new Data Model
- get a list of currently used values and attempt to migrate as many as possible, everything else should fall into other
[x] Adapt filters to only count people that meet the criteria to be a vaccination failure
[x] Adapt query to only export people that meet the criteria in vaccination failure export

Describe alternatives you've considered

None

Additional context

Follow up from https://github.com/jshmrtn/hygeia/issues/544#issuecomment-986607663

References

https://app.forecast.it/project/P-205/scoping/T3163

maennchen commented 2 years ago

Flagged as high-priority since #907 is high priority and depends on this issue.

St-Annette commented 2 years ago

@maennchen Liste mit Impfstoffen:

Pfizer/BioNTech (Comirnaty® / BNT162b2 / Tozinameran) Zwei Impfdosen, voller Impfschutz direkt ab Tag der 2. Impfung

Moderna (Spikevax® / mRNA-1273 / COVID-19 vaccine) Zwei Impfdosen, voller Impfschutz direkt ab Tag der 2. Impfung

Janssen (OVID-19 Vaccine Janssen®) Eine Impfdose, voller Impfschutz 22 Tage nach der Impfung

Andere Impfstoffe Es erscheint ein Freitextfeld.

Zur Auswahl dann bitte nur die hier fett geschrieben Namen eintragen.

maennchen commented 2 years ago

@St-Annette Gemäss BAG akzeptieren wir diverse Impfungen mehr als auf dieser Liste:

https://www.bag.admin.ch/bag/en/home/krankheiten/ausbrueche-epidemien-pandemien/aktuelle-ausbrueche-epidemien/novel-cov/empfehlungen-fuer-reisende/quarantaene-einreisende.html#-440105700

Pfizer/BioNTech (BNT162b2 / Comirnaty® / Tozinameran)
Moderna (mRNA-1273 / Spikevax / COVID-19 vaccine Moderna)
AstraZeneca (AZD1222 Vaxzevria®/ Covishield™)
Janssen / Johnson & Johnson (Ad26.COV2.S)
Sinopharm / BIBP (SARS-CoV-2 Vaccine (Vero Cell))
Sinovac (CoronaVac)
COVAXIN®

Da wir das ganze eh in die Finger nehmen:

Muss es in Zukunft möglich sein mehrere verschiedene Impfstoffe zu erfassen?
Wir funktioniert die Berechnung ob die Impfung komplett ist, wenn ich z.B. ein Shot Moderna und eine Janssen bekommen habe, die 22 Tage aber noch nicht durch sind?
Läuft der Impfschutz auch wieder ab, falls ja: Unterschiedlich lange?

St-Annette commented 2 years ago

@maennchen Ja das habe ich gesehen. Allerdings habe ich hier auf der Seite nur die drei gefunden und soweit ich weiß werden auch nur diese derzeit akzeptiert für ein Covid Zertifikat. https://www.bag.admin.ch/bag/de/home/krankheiten/ausbrueche-epidemien-pandemien/aktuelle-ausbrueche-epidemien/novel-cov/impfen.html

maennchen commented 2 years ago

@St-Annette Soweit ich das verstehe, akzeptieren wir all diese Impfstoffe, stellen aber selbst dafür kein Zertifikat aus.

Ich denke im Hinblick darauf, dass wir Reisequarantäne / Testpflicht in Zukunft auch über Hygeia machen möchten, sollten wir diese auch mit einbeziehen.

St-Annette commented 2 years ago

@maennchen Wir können das gerne nachher im Call besprechen

jeremyzahner commented 2 years ago

Hygeia Weekly

Business Rules werden nur für in der Schweiz zugelassene Impfstoffe implementiert.
Impfstoff und Shot (Datum) müssen frei kombiniert werden können (Mischimpfung)
@rebecca-br @St-Annette legen final Business Rules fest (für die schweizer Impfstoffe)
- Genesen als Zusatz im Impf-Schritt
- Wie lange schützt die Impfung
- Ab wann schützt die Impfung (Anzahl Shots, + Zeit)
- Wie schützt die Impfung in Kombination mit Genesung (Einfluss auf Schutzdauer)
- Booster (wie wirkt sich zusätzliche Dosis aus)
@maennchen / @jeremyzahner Look at API solutions for business rules.

rebecca-br commented 2 years ago

@maennchen @jeremyzahner

maennchen commented 2 years ago

@jeremyzahner I re-estimated the task. I added a buffer that is a bit larger than usual since the queries for this will be quite complicated.

maennchen commented 2 years ago

@jeremyzahner Re-assign to me after confirmation. I'll have to tackle this one myself.

maennchen commented 2 years ago

@rebecca-br / @St-Annette / @saanni Bereit zum testen.

Der Impfstatus (Gültigkeit der Impfung im Kontext von Impfdurchbrüchen) sollte bei den Personendetails angezeigt werden. Bitte stellt sicher, dass dies korrekt ist.

Die Erfassung der Impfung ist auch im Auto Tracing angepasst. Das bitte auch gut prüfen.

St-Annette commented 2 years ago

@maennchen Auf der Seite des BAG stehen mehrere Impfstoffe mit denen man als vollständig geimpft gilt und auch Kombinationen aus diesen (auch wenn diese in der Schweiz nicht geimpft werden). Wenn ich das richtig verstehe sollten wir diese im System vllt. auch akzeptieren? https://www.bag.admin.ch/bag/de/home/krankheiten/ausbrueche-epidemien-pandemien/aktuelle-ausbrueche-epidemien/novel-cov/impfen.html

jeremyzahner commented 2 years ago

@maennchen Wir hatten ja mal entschieden die Regeln nur für die in der Schweiz zugelassenen Impfstoffe umzusetzen. Da diese (also die Regeln) ja jetzt wohl auch gemäss BAG sehr klar sind. Was spricht dagegen diese noch kurz nachzuziehen?

cc @St-Annette

St-Annette commented 2 years ago

@maennchen Folgender Fall: https://staging.covid19-tracing.ch/people/a4d68f62-ed32-4ca0-b2ae-6dd9cc4e49e8

Erste Impfung: 01.10.21 Positiver Test: 17.01.22 Gültigkeit der Impfung in Hygeia: 01.10.21 - 30.09.22

Theoretisch wird hier rückwirkend eine Gültigkeit der Impfung angezeigt, obwohl diese erst dadurch entstanden ist, weil die Person am 17.01.22 einen positiven Test hatte. Es müsste dann vermutlich angegeben werden: 17.01.22 - 16.01.23, oder? Wobei laut BAG 4 Wochen zwischen Impfung und Erkrankung liegen müssen (in beide Richtungen). Also wenn man berechnet dass die vollständige Immunität ab dem positiven Test erreicht wurde.

St-Annette commented 2 years ago

@maennchen Eine Gültigkeit der Impfung wird ausserdem nur angezeigt, wenn die Isolation auf "verordnet" steht. Hier sollte aber der positive Test zählen unabhängig ob die Isolation verordnet werden konnte. Beispiel: https://staging.covid19-tracing.ch/people/9f24562a-0490-4f7a-8252-42c5add82d64

maennchen commented 2 years ago

@jeremyzahner / @St-Annette Um die Entwicklung des nächsten Milestones nicht aufzuhalten, würde ich empfehlen ein Follow Up Issue zu machen für weitere Impfungen.

maennchen commented 2 years ago

@jeremyzahner / @St-Annette Korrektur:

Ich habe auf Grund von den anderen Anpassungen eh alles anfassen müssen und habe somit auch alle anderen Impfungen eingebaut.

Neu werden auch Test-Daten mit einbezogen.

Achtung Ich bin mir nicht sicher, ob das noch schnell genug ist, um gut in der Production DB zu funktionieren. Falls es nicht tut, werde ich das rückbauen müssen, damit nur die Fall-Daten zählen.

maennchen commented 2 years ago

@St-Annette / @saanni / @rebecca-br Bereit zum testen.

Achtung: Wenn Extern Genesen auf Ja gesetzt ist und auch ein Indexfall existiert kurz nach einer 1. Impfung, wird die Gültigkeit 2 mal angezeigt. Dies liegt daran, dass beide Kombinationen eine andere Gültigkeit produzieren und ich diese nicht gut aussortieren kann dank der neuen Komplexität.

(Vorher war es eine einzige Abfrage, dies musste ich aber dank den vielen neuen Impfkombinationen erweitern.)

St-Annette commented 2 years ago

@maennchen Könntest du bitte den Text noch anpassen auf alle gelisteten Impfungen bzw. vllt. kann man es dann die Aufzählung der Impfstoffe auch weg lassen? Bildschirmfoto 2022-01-18 um 16 45 30

St-Annette commented 2 years ago

@maennchen Ich verstehe bei dem Fall die Berechnung leider nicht. https://staging.covid19-tracing.ch/people/38d6bbda-8589-4c3a-a558-7aaec2ae1f4f

Index: 26.05. - 03.06.21 Positiver Test: 23.06.21 Impftermin: 10.03.2021

Gültigkeit der Impfung wird berechnet auf: 21.07.21 - 09.03.2022

Wie kommen diese Daten zustande?

maennchen commented 2 years ago

@St-Annette

kann man es dann die Aufzählung der Impfstoffe auch weg lassen?

Wie wäre es mit:

Gültigkeit Impfung

Die Gültigkeit wird nur für Impfungen berechnet, welche gemäss BAG anerkannt sind.

Wie kommen diese Daten zustande?

Gemäss BAG:

Sie hatten eine bestätigte Coronavirus-Infektion und haben eine Impfdosis eines Impfstoffes gemäss Punkt 1 im Abstand von mindestens 4 Wochen erhalten

Das Testdatum ist 23.06.21. Plus 4 Wochen ergibt den 21.07.21. Die Injektion an sich hat eine maximale Gültigkeit von einem Jahr. Somit bis am 09.03.22.

maennchen commented 2 years ago

@St-Annette Wenn du mir zu den 2 Punkten relativ schnell Bescheid geben kannst. Könnten wir den Release vermutlich Heute Abend abschliessen :)

St-Annette commented 2 years ago

@maennchen tut mir leid ich hab es erst jetzt gelesen... können wir den release morgen abend machen? ich hab die Release Notes noch nicht fertig. Sonst kann @jeremyzahner sie fertig machen falls ihr den Release am Mittag machen wollt? Thema Gültigkeit: Finde ich gut so. Können wir statt Impfungen "Impfstoffe" schreiben?

jeremyzahner commented 2 years ago

@maennchen Ich verstehe bei dem Fall die Berechnung leider nicht. https://staging.covid19-tracing.ch/people/38d6bbda-8589-4c3a-a558-7aaec2ae1f4f

Index: 26.05. - 03.06.21 Positiver Test: 23.06.21 Impftermin: 10.03.2021

Gültigkeit der Impfung wird berechnet auf: 21.07.21 - 09.03.2022

Wie kommen diese Daten zustande?

@St-Annette Wir werden die Anpassungen so vornehmen damit auch diese Fall Sinn macht (sofortige Gültigkeit nach dem positiven Test). Wir haben nochmals diverse Fälle geprüft und hoffen, dass dann alle korrekt abgedeckt sind.

maennchen commented 2 years ago

@St-Annette / @rebecca-br / @saanni Bereit zum finalen test.

Wir haben es nun so angepasst, das bei einer 1. Impfung und einer späteren Genesung es wie gefolgt zählt:

Falls zwischen End-Datum des Falles und der Impfung weniger als 4 Wochen liegen, wird die Impfung nicht gezählt. Es benötigt eine 2. um gültig zu werden.
Falls mehr dazwischen liegt, zählt die Gültigkeit vom End-Datum des Falles + 1 Jahr.

jshmrtn / hygeia