jtamames
commented
5 months ago Hola
Como le estás especificando una ruta en el nombre de proyecto (-p /pipe/results/IN.61muestras.exp35_31_sqm_11enero), está intentando crear ese directorio desde donde estás ejecutando el comando (/home/nejjami). Por eso dice: mkdir: cannot create directory ‘/home/nejjami//pipe/results/IN.61muestras.exp35_31_sqm_11enero’ Muévete al directorio /pipe/results/ y ejecútalo desde allí, poniendo -p IN.61muestras.exp35_31_sqm_11enero. Saludos
fpusan
Buenos días,
Al correr el SQM con secuencias de nanoporo me sale el porcentaje del mapeo <50%. De hecho, intenté usar el comando sobre los reads usando una vez el comando:
sqm_longreads.pl -p /pipe/results/IN.61muestras.exp35_31_sqm_11enero -s base_datos/librerias/librerias_3.5_3.1/IN.explotacion35_31.samples -f /base_datos/librerias/librerias_3.5_3.1 -t 32
Me sale luego el mensaje siguiente:
****SqueezeMeta on Long Reads v1.6.3, September 2023 - (c) J. Tamames, F. Puente-Sánchez CNB-CSIC, Madrid, SPAIN
This is part of the SqueezeMeta distribution (https://github.com/jtamames/SqueezeMeta) Please cite: Tamames & Puente-Sanchez, Frontiers in Microbiology 10.3389 (2019). doi: https://doi.org/10.3389/fmicb.2018.03349
Setting block size for Diamond AVAILABLE (free) RAM memory: 43.04 Gb We will set Diamond block size to 5.4 (Gb RAM/8, Max 16). You can override this setting using the -b option when starting the project, or changing the $blocksize variable in SqueezeMeta_conf.pl mkdir: cannot create directory ‘/home/nejjami//pipe/results/IN.61muestras.exp35_31_sqm_11enero’: No such file or directory Cannot open methods file /home/nejjami//pipe/results/IN.61muestras.exp35_31_sqm_11enero/methods.txt for writing methods and references Cannot open syslog file in /home/nejjami//pipe/results/IN.61muestras.exp35_31_sqm_11enero/syslog Died at /pipe/soft/miniconda/miniconda3/envs/SqueezeMeta/bin/sqm_longreads.pl line 170.****
Y otra vez el comando:
sqm_reads.pl -p /pipe/results/IN.61muestras.exp35_31_sqm_11enero -s /base_datos/librerias/librerias_3.5_3.1/IN.explotacion35_31.samples -f /base_datos/librerias/librerias_3.5_3.1 -t 32
Me sale el mensaje siguiente:
SqueezeMeta on Reads v1.6.3, September 2023 - (c) J. Tamames, F. Puente-Sánchez CNB-CSIC, Madrid, SPAIN
This is part of the SqueezeMeta distribution (https://github.com/jtamames/SqueezeMeta) Please cite: Tamames & Puente-Sanchez, Frontiers in Microbiology 10.3389 (2019). doi: https://doi.org/10.3389/fmicb.2018.03349
Setting block size for Diamond AVAILABLE (free) RAM memory: 43.05 Gb We will set Diamond block size to 5.4 (Gb RAM/8, Max 16). You can override this setting using the -b option when starting the project, or changing the $blocksize variable in SqueezeMeta_conf.pl Now reading samples from /base_datos/librerias/librerias_3.5_3.1/IN.explotacion35_31.samples 61 metagenomes found
SAMPLE 1/61: HI5
File: H43.35.L5.21.fastq.gz [45 seconds]: Running Diamond (Buchfink et al 2015, Nat Methods 12, 59-60) for taxa (GenBank nr, Clark et al 2016, Nucleic Acids Res 44, D67-D72) [14 hours, 26 minutes, 37 seconds]: Running LCA Splitting Diamond file Starting multithread LCA in 32 threads: 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 Creating .//pipe/results/IN.61muestras.exp35_31_sqm_11enero/HI5/H43.35.L5.21.fastq.gz.tax.wranks file sh: 1: cannot create .//pipe/results/IN.61muestras.exp35_31_sqm_11enero/HI5/H43.35.L5.21.fastq.gz.tax.wranks: Directory nonexistent Creating .//pipe/results/IN.61muestras.exp35_31_sqm_11enero/HI5/H43.35.L5.21.fastq.gz.tax_nofilter.wranks file sh: 1: cannot create .//pipe/results/IN.61muestras.exp35_31_sqm_11enero/HI5/H43.35.L5.21.fastq.gz.tax_nofilter.wranks: Directory nonexistent Died at /pipe/soft/miniconda/miniconda3/envs/SqueezeMeta/bin/sqm_reads.pl line 269.
¿Algo lo estoy haciendo mal?
Muchas gracias de antemano.
Un saludo.