fpusan
commented
1 month ago Hi!
There are two functions for loading SQM results into SQMtools.
1) loadSQM will take a full SqueezeMeta project (so the directory created when running SqueezeMeta)
2) loadSQMlite will take the tables created by sqm2tables.py (or sqmreads2tables.py if this was a sqm_reads or sqm_longreads project.
Your problem is that you using loadSQM with a directory that contains tables, not a full project
Hola,
Estoy trabajando con secuencias de nanoporos. Corrí el SQM usando Flye (ensamblaje), se me han generado estos archivos: PRUEBA115_flye.COG.abund.tsv PRUEBA115_flye.KO.abund.tsv PRUEBA115_flye.PFAM.abund.tsv PRUEBA115_flye.bin.tax.tsv PRUEBA115_flye.contig.tax.prokfilter.tsv PRUEBA115_flye.genus.prokfilter.abund.tsv PRUEBA115_flye.COG.bases.tsv PRUEBA115_flye.KO.bases.tsv PRUEBA115_flye.PFAM.bases.tsv PRUEBA115_flye.class.allfilter.abund.tsv PRUEBA115_flye.family.allfilter.abund.tsv PRUEBA115_flye.order.allfilter.abund.tsv PRUEBA115_flye.COG.copyNumber.tsv PRUEBA115_flye.KO.copyNumber.tsv PRUEBA115_flye.PFAM.copyNumber.tsv PRUEBA115_flye.class.nofilter.abund.tsv PRUEBA115_flye.family.nofilter.abund.tsv PRUEBA115_flye.order.nofilter.abund.tsv PRUEBA115_flye.COG.cov.tsv PRUEBA115_flye.KO.cov.tsv PRUEBA115_flye.PFAM.cov.tsv PRUEBA115_flye.class.prokfilter.abund.tsv PRUEBA115_flye.family.prokfilter.abund.tsv PRUEBA115_flye.order.prokfilter.abund.tsv PRUEBA115_flye.COG.names.tsv PRUEBA115_flye.KO.names.tsv PRUEBA115_flye.PFAM.tpm.tsv PRUEBA115_flye.contig.tax.allfilter.tsv PRUEBA115_flye.genus.allfilter.abund.tsv PRUEBA115_flye.COG.tpm.tsv PRUEBA115_flye.KO.tpm.tsv PRUEBA115_flye.RecA.tsv PRUEBA115_flye.contig.tax.nofilter.tsv PRUEBA115_flye.genus.nofilter.abund.tsv
Ahora, cuando quiero cargar el proyecto que está descomprimido y todo poniendo el comando siguiente:
project= SCAYLE=loadSQM('/base_datos/librerias/librerias_originales/Sistema_intensivo_SUP/Resultados_tablas_115_hecesIntensivo/tables')
Me sale el mensaje este:
Error in loadSQM("/base_datos/librerias/librerias_originales/Sistema_intensivo_SUP/Resultados_tablas_115_hecesIntensivo/tables") : Directory "/base_datos/librerias/librerias_originales/Sistema_intensivo_SUP/Resultados_tablas_115_hecesIntensivo/tables" does not seem to contain a valid SqueezeMeta project
Lo intenté de varias formas (quitando la barra del principio etc,) pero sigue dándome lo mismo).
Muchas gracias de antemano.
Un saludo.