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julibinho / 2dSS

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Nouvelle versions 2dss.py et quick2d.output (Lire attentivement) #12

Open julibinho opened 7 years ago

julibinho commented 7 years ago

Bonjour,

Le script 2dss.py a été changé pour traiter les compare Predictions, maintenant il faut passer le parametre -t 1 pour faire le view 2D alig comme avant ou -t 2 pour faire compare Predictions.

J'ai changé aussi la taille de figure, tester avec Acof pour voir que la figure ne coupe plus J'ai mis en place les helix comme il fallait, vous aller voir quand vous generez les alignments 2D.

Il faut legerment change votre script que format les fichers quick2d.input pour le nouveau format quick2d.output (voir nouveau format dans Code/data). Le nouveau format mets une sequence par ligne et separer les identifiant de la sequence avec une tabulation.

Si vous avez des question, ne hesite pas. Bon travail et bon week-end

3408247 commented 7 years ago

Bonjour,

Pour les entrées dans les textarea de Compare Predictions:

  1. Dans la boite query, est-ce que les utilisateurs écrivent bien le mot QUERY au debut suivi de la requếte?
  2. Pour la boite de predictions avec les outils, comment est-ce que les utilsateurs écrivent leurs outils SS JNET SS PROF (Ouali)
    etc comme dans le quick2D.input ou juste JNET, PROF (Ouali) sans les "SS" comme dans le quick2D.output ?
  3. Il faut bien qu'ils entrent 4 outils? ( PSIPRED, JNET, PROF (Ouali) et PROF (Rost) ) ?
julibinho commented 7 years ago

Bonjour,

Dans la boite query, est-ce que les utilisateurs écrivent bien le mot QUERY au debut suivi de la requếte? Non, pas besoin

Pour la boite de predictions avec les outils, comment est-ce que les utilsateurs écrivent leurs outils SS JNET SS PROF (Ouali) etc comme dans le quick2D.input ou juste JNET, PROF (Ouali) sans les "SS" comme dans le quick2D.output ? Je pense que juste JNET, PROF sans les "SS"

Il faut bien qu'ils entrent 4 outils? ( PSIPRED, JNET, PROF (Ouali) et PROF (Rost) ) ? On peut limiter à quatre ou cinq outils, mais pas forcement ces ( PSIPRED, JNET, PROF (Ouali) et PROF (Rost) ), suposont que demain il sort un nouveau outil, on doit avoir la possibilité de le considerer aussi. Je pense que le format doit etre nom du outil espace et la prediction 2D.