julibinho
commented
3 years ago Super, le D est problématique, on doit trouver des méthodes plus efficaces.
à+
On Mon, Feb 15, 2021 at 11:18 AM Téo Bernier notifications@github.com wrote:
Rebonjour, du coup j'ai implémenté la méthode avec les k-mer pour les simulations avec mutations, j'ai de bons résultats jusqu'au 40, mais pour le 80 ça fait un peu n'importe quoi.
Si l'on considère les allèles différents comme étant un bon résultat, on a alors :
- 5 : V D J 97.59% 53.98% 99.23%
- 10 : V D J 96.14% 51.51% 98.71%
- 20 : V D J 96.13% 46.36% 97.14%
- 40 : V D J 91.38% 35.53% 91.99%
- 80 : V D J 53.79% 18.24% 74.10%
Je tiens juste à préciser que ce sont juste les résultats avec les k-mers, et que je n'ai pas implémenté l’utilisation de k-mer + alignement.
Avec l'alignement seul, j'ai :
- 80 : V D J 96.22% 33.01% 71.28%
Donc, je pense que si je combine les deux, j'aurais de bons résultats et un bon temps d'exécution pour toutes les simulations
Je vais essayer d'implémenter des améliorations pour le gène D (markov / ...)
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Juliana Silva Bernardes, Assistant Professor. Biologie Computationnelle et Quantitative Sorbonne Université, Paris, France http://www.lcqb.upmc.fr/julianab 01 44 27 73 62
Rebonjour, du coup j'ai implémenté la méthode avec les k-mer pour les simulations avec mutations, j'ai de bons résultats jusqu'au 40, mais pour le 80 ça fait un peu n'importe quoi.
Si l'on considère les allèles différents comme étant un bon résultat, on a alors :
Je tiens juste à préciser que ce sont juste les résultats avec les k-mers, et que je n'ai pas implémenté l’utilisation de k-mer + alignement.
Avec l'alignement seul, j'ai :
Donc, je pense que si je combine les deux, j'aurais de bons résultats et un bon temps d'exécution pour toutes les simulations
Je vais essayer d'implémenter des améliorations pour le gène D (markov / ...)