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julibinho / lymphoClone2

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Clone simulator #4

Open julibinho opened 7 years ago

julibinho commented 7 years ago

Salut,

J'ai viens de faire un commit avec le simulator de Clone. Pour l'utiliser suive les pas descrit en bas.

1) generer les rearrangements, utiliser le script du simulator python ighsim.py exemple: python ighsim.py 1000 clones.seed.fas 1

2) lancer le script en utilisant le fichier clones.seed.fas pour generer les clones. python [options] simClone.py -i -o

exemple: python simClone.py -i clones.seed.fas -o clones.seq.fasta -cloneFile bigTableforACE.txt -n 1000 --v Pour voir les options et parametres tapez: python simClone.py -h

3) Concat les fichier dans un seul fasta cat clones.seq.fasta. > clones.fasta rm clones.seq.fasta.

Si tu as des question ne hesite pas.

à+

NikaAb commented 7 years ago

Salut Juliana,

J'ai une erreur quand je lance simClone.py:

Traceback (most recent call last): File "ighmut.py", line 65, in bar = Bar('Mutating', max=numseq) TypeError: init() got an unexpected keyword argument 'max'

J'ai essayé avec differnets python , j'ai toujours le meme probleme. Est ce que tu as une idée cela vient d'où?

Merci beaucoup