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julibinho / lymphoClone2

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Clonotype study #5

Open NikaAb opened 7 years ago

NikaAb commented 7 years ago

Chère Juliana,

J'ai mis la sortie de vidjil sur les clonotypes simulés que tu m'as donné, sous forme: clonotype number V typeD typeJ typeoccurance in clonotype C1___ Vx__Dx__Jx__xxxx ....

dans lymphoClone2/Results/Clonotype/outvidjil.txt.

Dis moi si le format te convient pour utiliser tes codes stp.

Merci beaucoup,

A plus,

Nika

NikaAb commented 7 years ago

Ce qui est étonnant c'est que vidjil nous propose, 69441 clonotypes! 100 fois plus que le vrai nombre de clusters. j'ai regardé un peu la distribution du nombre de sequence par clonotype, sans surprise, beaucoup de clonotype avec 1 ou peu de sequences. Ici tu as les informations un peu plus detaillées :

Le nombre maximal de sequence par clonotype nombre de cluster 10____ 66833 100____ 2266 1000___ 295 10000__ 45 More than10000 __ 2

Les donnés ne sont pas cumulatif, c.à.d que par exemple on a 2266 clonotypes (clusters) qui contiennent entre 10 et 100 sequences (par clonotype).

NikaAb commented 7 years ago

Voici le nombre de cluster determiné par Mixcr, partis et high-vquest , sur ce jeu de données : Partis : 1169 MiXcr : 18452 High-Vquest : 32032