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junjunlab / bulkPseudotime

Pseudotime Analysis for Bulk Data
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多样本问题如何解决？ #3

Open 25343 opened 2 months ago

25343 commented 2 months ago

Junjun大神您好！ 在我看到关于“普通的Bulk转录组也能做拟时序分析” 的推文时，正感到新奇，没想到您就已经做出R包了，对您的开发速度赶到无比惊讶。同时我也是您R包ClusterGVis的忠实粉丝。

但在我使用bulkPseudotime，我遇到了一个问题，我的数据在同一时间点具有多个样本。但是拟时序的时候，拟合产生的新的 PCA 分布只会显示部分样本。 微信图片_20240710160012 这个问题该如何解决？

25343 commented 2 months ago

您可以看到这里是两个时间节点，多个样本。但是似乎理解成了每个样本是一个时间节点，并且显示不完全。

junjunlab commented 2 months ago

应该是颜色不够，用ggplot语法加点颜色，psetime_res@sample_pca_plot[[x]] + scale_color_manuals(values = 你的颜色)