emmiepeters
commented
6 years ago Beginnend bovenste streng: ACCTCGCC[C]TCAACTCCT[A]TCCCTAATC[C]ATCCTCCC Beginnend onderste streng: ACCTCGCCCTCAACTCCTATCCCTAATCCATCCTCCC Twee dezelfde strengen. Strengen overlappen wel, waardoor de letters tussen [] misschien maar tot één streng behoren?
DNA-> MRNA: T->A A->U C->G G->C
ACCTCGCCCTCAACTCCTATCCCTAATCCATCCTCCC UGGAGCGGGAGUUGAGGAUAGGGAUUAGGUAGGAGGG ACCTCGCC[C]TCAACTCCT[A]TCCCTAATC[C]ATCCTCCC UGGAGCGG[G]AGUUGAGGA[U]AGGGAUUAG[G]UAGGAGGG
Omdat de strengen overlappen: UGGAGCGGGAGUUGAGGAAGGGAUUAGGUAGGAGGG UGGAGCGGAGUUGAGGAUAGGGAUUAGUAGGAGGG
Achterstevoren? Omdat AUG startcodon is en dat alleen achterstevoren voorkomt. De codering naar eiwitten kan met losse letters en drieletterige afkortingen. Uitkomsten anagrammen van dieren?
Zie pythoncode waar ik al deze dingen uitprobeer. Tot nu toe geen resultaat gevonden:
map1 = {"UUU":"F", "UUC":"F", "UUA":"L", "UUG":"L",
"UCU":"S", "UCC":"s", "UCA":"S", "UCG":"S",
"UAU":"Y", "UAC":"Y", "UAA":"STOP", "UAG":"STOP",
"UGU":"C", "UGC":"C", "UGA":"STOP", "UGG":"W",
"CUU":"L", "CUC":"L", "CUA":"L", "CUG":"L",
"CCU":"P", "CCC":"P", "CCA":"P", "CCG":"P",
"CAU":"H", "CAC":"H", "CAA":"Q", "CAG":"Q",
"CGU":"R", "CGC":"R", "CGA":"R", "CGG":"R",
"AUU":"I", "AUC":"I", "AUA":"I", "AUG":"M",
"ACU":"T", "ACC":"T", "ACA":"T", "ACG":"T",
"AAU":"N", "AAC":"N", "AAA":"K", "AAG":"K",
"AGU":"S", "AGC":"S", "AGA":"R", "AGG":"R",
"GUU":"V", "GUC":"V", "GUA":"V", "GUG":"V",
"GCU":"A", "GCC":"A", "GCA":"A", "GCG":"A",
"GAU":"D", "GAC":"D", "GAA":"E", "GAG":"E",
"GGU":"G", "GGC":"G", "GGA":"G", "GGG":"G",}
map2 = {"UUU":"F", "UUC":"F", "UUA":"L", "UUG":"L",
"UCU":"S", "UCC":"s", "UCA":"S", "UCG":"S",
"UAU":"Y", "UAC":"Y", "UAA":"STOP", "UAG":"O",
"UGU":"C", "UGC":"C", "UGA":"U", "UGG":"W",
"CUU":"L", "CUC":"L", "CUA":"L", "CUG":"L",
"CCU":"P", "CCC":"P", "CCA":"P", "CCG":"P",
"CAU":"H", "CAC":"H", "CAA":"Q", "CAG":"Q",
"CGU":"R", "CGC":"R", "CGA":"R", "CGG":"R",
"AUU":"I", "AUC":"I", "AUA":"I", "AUG":"M",
"ACU":"T", "ACC":"T", "ACA":"T", "ACG":"T",
"AAU":"N", "AAC":"N", "AAA":"K", "AAG":"K",
"AGU":"S", "AGC":"S", "AGA":"R", "AGG":"R",
"GUU":"V", "GUC":"V", "GUA":"V", "GUG":"V",
"GCU":"A", "GCC":"A", "GCA":"A", "GCG":"A",
"GAU":"D", "GAC":"D", "GAA":"E", "GAG":"E",
"GGU":"G", "GGC":"G", "GGA":"G", "GGG":"G",}
map3 = {"UUU":"phe", "UUC":"phe", "UUA":"leu", "UUG":"leu",
"UCU":"ser", "UCC":"ser", "UCA":"ser", "UCG":"ser",
"UAU":"tyr", "UAC":"tyr", "UAA":"STOP", "UAG":"pyl",
"UGU":"cys", "UGC":"cys", "UGA":"sec", "UGG":"trp",
"CUU":"leu", "CUC":"leu", "CUA":"leu", "CUG":"leu",
"CCU":"pro", "CCC":"pro", "CCA":"pro", "CCG":"pro",
"CAU":"his", "CAC":"his", "CAA":"gln", "CAG":"gln",
"CGU":"arg", "CGC":"arg", "CGA":"arg", "CGG":"arg",
"AUU":"ile", "AUC":"ile", "AUA":"ile", "AUG":"met",
"ACU":"thr", "ACC":"thr", "ACA":"thr", "ACG":"thr",
"AAU":"asn", "AAC":"asn", "AAA":"lys", "AAG":"lys",
"AGU":"ser", "AGC":"ser", "AGA":"arg", "AGG":"arg",
"GUU":"val", "GUC":"val", "GUA":"val", "GUG":"val",
"GCU":"ala", "GCC":"ala", "GCA":"ala", "GCG":"ala",
"GAU":"asp", "GAC":"asp", "GAA":"glu", "GAG":"glu",
"GGU":"gly", "GGC":"gly", "GGA":"gly", "GGG":"gly",}
input1= "UGGAGCGGGAGUUGAGGAUAGGGAUUAGGUAGGAGGG"
input2 = input1[::-1]
input3 = "UGGAGCGGGAGUUGAGGAAGGGAUUAGGUAGGAGGG"
input4 = "UGGAGCGGAGUUGAGGAUAGGGAUUAGUAGGAGGG"
input5 = input3[::-1]
input6 = input4[::-1]
for x in range (0, 3):
endstring= ""
i=x
while i < len(input6):
codon= input6[i:i+3]
if len(codon)>2:
endstring = endstring + map2[codon]
i = i+3
print(endstring)
Deze opdracht schreeuwt natuurlijk DNA, ik ga omzetten naar RNA en dan naar eiwitten, op allerlei verschillende manieren om te kijken of er ergens iets uitkomt.