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Hi, trivial issue – I've noticed that FASTA output includes '=' chars where the documentation would lead me to expect Ns. I'm using OS X 10.10.5.
Example
ococo -i 31_c100.sam --fasta-cons EU155341_31_c100_cons.n.fa
31_c100.sam
EU155341_31_c100_cons.n.fa:
>ENA|EU155341|EU155341.2 AAGCGTCTAGCCATGGCGTTAGTATGAGTGTCGTGCAGCCTCCAGGACCC CCCCTCCCGGGAGAGCCATAGTGGTCTGCGGAACCGGTGAGTACACCGGA ATTGCCAGGACGACCGGGTCCTTTCTTGGATCAACCCGCTCAATGCCTGG AGATTTGGGCGTGCCCCCGCAAGACCGCTAGCCGAGTAGTGTTGGGTCGC GAAAGGCCTTGTGGTACTGCCTGATAGGGTGCTTGCGAGTGCCCCGGGAG GTCTCGTAGACCGTGCACCATGAGCACGAATCCTAAACCTCAAAGAAAAA CCAAACGTAA=ACCAACCGTCGCCCACAGGACGTCAAGTTCCCGG=TGGC GGTCAGATCGTTGGTGGAGTTTACTTGTTGCCGCGCAGGGGCCCTAGATT GGGTGTG=GCGCGACGAGGAAGACTTCCGAGCGGTCGCAACCTCGAGGTA GACGTCAGCCTATCCCCAAGGCGCGTCGGCCCGAGGGCAGGACCTGGGCT CAGCCCGGGTACCCTTGGCCCCTCTATGGTAATGAGGGCTGCGGGTGGGC AGGATGGCTCCTGTCCCCCCGTGGCTCTCGGCCTAGCTGGGGCCCCACAG ACCCCCGGCGTAGGTCGCGCAATTTGGGTAAGGTCATCGATACCCTCACG TGCGGCTTCGCCGACCTCATGGGGTACATTCCGCTCGTCGGCGCCCCTCT TGGGGGCGCTGCCAGGGCCCTGGCGCATGGCGTC================ ================================================== ================================================== ================================================== ================================================== 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AGGCTATGACCAGGTACTCCGCTCCCCCCGGGGACCCCCCCCAACCAGAA TACGACTTGGAGCTCATAACATCATGCTCCTCTAACGTGTCAGTCGCCCA CGACGGCGCTGGAAAGAGGGTCTATTACCTTACCCGTGACCCTACGACTC CCATCGCGAGAGCCGCGTGGGAGACAGCAAGACACACTCCAGTCAATTCC TGGCTAGGCAACATAATCATGTTTGCCCCCACATTGTGGGCGAG====AT ACTGATGACCCACTTCTTCAGTGTCCTCATAGCCAGGGATCAGCTTGAAC AGGCCCTTGATTGCGAAATCTACGGAGCCTGCTACTCCATAGAACCACTG GACCTACCTCCAATCATTCAAAGACTCCA=GGCCTTAGCGCGTTCTCACT CCACAGCTACTCTCCAGGTGAAATCAATAGGGTGGCCGCATGCCTCAGAA AACTTGGGGTCCCGCCCTTGCGAGCTTGGAGACACCGGGCCCGAAGCGTC CGCGCTAGGCTTCTGTCCAGAGGAGGCAAGGCTGCCATATGTGGCAAGTA CCTCTTCAATTGGGCAGTAAGAACAAAGCTCAAACTCACTCCAATAGCGG CCGCTAGCCAGCTGGACTTGTCCGGCTGGTTCACGGCTGGCTACAGCGGG GGAGACATTTATCACAGCGTGTCTCATGCCCGGCCCCGCTGGTTCTGGTT TTGCCTACTCCTGCTTACTGCAGGGGTAGGCATCTACCTCCTCCCCAACC GATGAA
Thank you : )
bede
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