search

keaan95 / learning

0 stars 0 forks source link

Sylamer Scripts #6

Open keaan95 opened 7 years ago

keaan95 commented 7 years ago

syl.master2.sh -W -w GTTTGAGA,AGCACTTA,CGGCACTA -r KeaanTeratomaTCGA2017.txt -t human.table -m 2 -f hsa.ens76.3utr-g.dfpa.fa.gz -d out-2-KeaanTeratomaTCGA2017 -s KeaanTeratomaTCGA2017-m2 -T KeaanTeratomaTCGA2017 -y 30

syl.master2.sh -W -F -w GTTTGAGA,AGCACTTA,CGGCACTA -r KeaanTeratomaTCGA2017.txt -t human.table -m 3 -f hsa.ens76.3utr-g.dfpa.fa.gz -d out-3-KeaanTeratomaTCGA2017 -s KeaanTeratomaTCGA2017-m3 -T KeaanTeratomaTCGA2017 -y 30

keaan95 commented 7 years ago

syl.master2.sh -W -F -w GCACTT -r KeaanTeratomaTCGA2017.txt -t human.table -f hsa.ens76.3utr-g.dfpa.fa.gz -d out-6-KeaanTeratomaTCGA2017 -s KeaanTeratomaTCGA2017 -T KeaanTeratomaTCGA2017 -y 30

syl.master2.sh -W -F -w GCACTT -r KeaanTeratomaTCGA2017.txt -t human.table -m 2 -f hsa.ens76.3utr-g.dfpa.fa.gz -d out-7-KeaanTeratomaTCGA2017 -s KeaanTeratomaTCGA2017-m2 -T KeaanTeratomaTCGA2017 -y 30

syl.master2.sh -W -F -w GCACTT -r KeaanTeratomaTCGA2017.txt -t human.table -m 3 -f hsa.ens76.3utr-g.dfpa.fa.gz -d out-8-KeaanTeratomaTCGA2017 -s KeaanTeratomaTCGA2017-m3 -T KeaanTeratomaTCGA2017 -y 30

keaan95 commented 7 years ago

syl.master2.sh -r KeaanTeratomaTCGA2017.txt -t human.table -f hsa.ens76.3utr-g.dfpa.fa.gz -d out-test-KeaanTeratomaTCGA2017 -s KeaanTeratomaTCGA2017 -T KeaanTeratomaTCGA2017 -y 30

syl.master2.sh -r KeaanTeratomaTCGA2017.txt -t human.table -m 2 -f hsa.ens76.3utr-g.dfpa.fa.gz -d out-test2-KeaanTeratomaTCGA2017 -s KeaanTeratomaTCGA2017-m2 -T KeaanTeratomaTCGA2017 -y 30

syl.master2.sh -r KeaanTeratomaTCGA2017.txt -t human.table -m 3 -f hsa.ens76.3utr-g.dfpa.fa.gz -d out-test3-KeaanTeratomaTCGA2017 -s KeaanTeratomaTCGA2017-m3 -T KeaanTeratomaTCGA2017 -y 30

keaan95 commented 7 years ago

syl.master2.sh -r TeratomaYST.txt -t human.table -f hsa.ens76.3utr-g.dfpa.fa.gz -d out-TeratomaYST -s TeratomaYST -T TeratomaYST -y 30

syl.master2.sh -r TeratomaSeminoma.txt -t human.table -f hsa.ens76.3utr-g.dfpa.fa.gz -d TeratomaSeminoma -s TeratomaSeminoma -T TeratomaSeminoma -y 30

keaan95 commented 7 years ago

syl.master2.sh -r SeminomaYST.txt -t human.table -f hsa.ens76.3utr-g.dfpa.fa.gz -d SeminomaYST -s SeminomaYST -T SeminomaYST -y 30