我想咨询一下，linux命令行的版本One Step Miner，如何批量处理多个fastq文件？

[Ryvesselt]

还是说一次只能读取一个fastq文件。请您指教。

[kli28]

两种方式：

1. 增加"--Batch_mode"参数，-i参数输入含有多个fastq文件名的文本文件，如：

   file.txt

   a.fastq b.fastq #################

2. -i 后面接多个fastq文件，","分隔

[Ryvesselt]

两种方式：

1. 增加"--Batch_mode"参数，-i参数输入含有多个fastq文件名的文本文件，如：
   ####file.txt#########
   a.fastq
   b.fastq
   #################

2. -i 后面接多个fastq文件，","分隔

感谢您的回复，但我在使用加--Batch Mode参数后，只处理了文本文件中的第一个文件的接头剪切和Collapse程序便停止了。

文本文件中包含所有fastq文件的的绝对路径地址，每一个占一行。

[kli28]

两种方式：

1. 增加"--Batch_mode"参数，-i参数输入含有多个fastq文件名的文本文件，如：
   ####file.txt#########
   a.fastq
   b.fastq
   #################

2. -i 后面接多个fastq文件，","分隔

感谢您的回复，但我在使用加--Batch Mode参数后，只处理了文本文件中的第一个文件的接头剪切和Collapse程序便停止了。

文本文件中包含所有fastq文件的的绝对路径地址，每一个占一行。

你这里并没有报错信息，看起来并不是停止了，而是因为这里预处理是单个单个样品进行的，因此程序还在运行，你需要等待下一个样品的处理。

[Ryvesselt]

看来是我图没有截全，它的确是停止了。

[kli28]

看来是我图没有截全，它的确是停止了。

好的，这比较奇怪，看来需要进一步查看情况，可能要看一下Log的情况，是否可以把您的联系方式发到guanliang_li_28@163.com？如QQ，Wechat等，这样交流更高效些

[wydsqgg]

您好，我想请问这个问题解决了吗，因为我同样遇到了这个问题，只能处理第一个fastq，就停止了。

[kli28]

您好，我想请问这个问题解决了吗，因为我同样遇到了这个问题，只能处理第一个fastq，就停止了。 When you meet this question, try to change your blast version to 2.12