labdao / plex

Platform for running comp bio applications on distributed compute and storage infrastructure
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MIT License
54 stars 14 forks source link

bacalhau related error when installing PLEx #109

Closed NiklasTR closed 1 year ago

NiklasTR commented 1 year ago

full log when installing on an M1 Mac - most likely the issue is related to the bacalhau installer.

(base) rindtorff@niklas ~ % source <(curl -sSL https://raw.githubusercontent.com/labdao/plex/main/install.sh)
Downloading Plex...
x LICENSE.md
x README.md
x plex
Installing Bacalhau...
Your system is darwin_arm64

BACALHAU CLI is detected:
21:01:44.906 | ERR cmd/bacalhau/version.go:108 > could not get server version error="publicapi: after posting request: Post \"http://bootstrap.development.bacalhau.org:1234/version\": dial tcp 34.88.147.110:1234: i/o timeout"
Error running version: publicapi: after posting request: Post "http://bootstrap.development.bacalhau.org:1234/version": dial tcp 34.88.147.110:1234: i/o timeout
Reinstalling BACALHAU CLI - /usr/local/bin/bacalhau...
Getting the latest BACALHAU CLI...
Installing v0.3.22 BACALHAU CLI...
Downloading https://github.com/bacalhau-project/bacalhau/releases/download/v0.3.22/bacalhau_v0.3.22_darwin_arm64.tar.gz ...
Downloading sig file https://github.com/bacalhau-project/bacalhau/releases/download/v0.3.22/bacalhau_v0.3.22_darwin_arm64.tar.gz.signature.sha256 ...
Verified OK
Extracting tarball ...
NOT verifying Bin
Password:
Sorry, try again.
Password:
bacalhau installed into /usr/local/bin successfully.
21:03:42.664 | ERR cmd/bacalhau/version.go:108 > could not get server version error="publicapi: after posting request: Post \"http://bootstrap.development.bacalhau.org:1234/version\": dial tcp 34.88.147.110:1234: i/o timeout"
Error running version: publicapi: after posting request: Post "http://bootstrap.development.bacalhau.org:1234/version": dial tcp 34.88.147.110:1234: i/o timeout
curl: (6) Could not resolve host: .
curl: (6) Could not resolve host: .

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Installation complete. Welcome to LabDAO! Documentation at https://github.com/labdao/plex
To get started, please run the following 3 steps:
1. Please change the permissions of plex on your system:
chmod +x ./plex
2. Please run the following command to set your web3.storage token:
export WEB3STORAGE_TOKEN=<your API token>
3. After you have set your API token, to start using Plex run the following command:
./plex -app equibind -input-dir ./testdata/binding/pdbbind_processed_size1/
NiklasTR commented 1 year ago

https://www.loom.com/share/37302914d29649d294fb73bd4b009a7c

acashmoney commented 1 year ago

@NiklasTR Bacalhau is aware of this issue. Quick fix is to run export BACALHAU_ENVIRONMENT=production

NiklasTR commented 1 year ago

okay - can we ship this change in the installer?