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Generar el modelo SLEUTH para BCS #PAPIIT #80

Open JuanCarloshgo opened 5 years ago

JuanCarloshgo commented 5 years ago

Insumos

En la ruta C:\Dropbox (LANCIS)\SIG\sig_papiit\procesamiento\BCS_sleuth\insumos\baja_california_sur\sleuth_inputs se encuentran las capas para generar los inputs del modelo SLEUTH.

Éstas se copiaron a una carpeta normal en el sistema de nombre “General”.

@edithvilla @yosunemiquela @cmvazquez

JuanCarloshgo commented 5 years ago

Sleuth Inputs

En QGIS 3, se instaló el complemento/plugin “Sleuth Inputs” (el cual es experimental) desarrollado por LANCIS, desde la configuración de complementos.

Se abre el plugin y se da click en rasters y se selecciona la carpeta “General”, donde se encuentran las capas. Se da click en shape y se selecciona el archivo de “municipios.shp” dentro de la misma carpeta. El plugin comienza a generar carpetas dentro de “General” con las capas .gif para cada municipio.

JuanCarloshgo commented 5 years ago

Sleuth Automation

Una vez terminado el proceso, la carpeta “General” se copia al cluster y se inicia sesión allí para ingresar los siguientes comandos:

virtualenv venv
source venv/bin/activate
pip install sleuth_automation
Batch running
create_sleuth_condor_batch.py --sleuth_path /srv/home/fidel/SLEUTH3.0beta_p01_linux_aguas/ --region_dir /srv/home/usuario/General/ --predict_end 2060 --mpi_cores 40
cd General
condor_submit submit.condor
condor_q

Cuando concluyan los jobs, se convierten los gifs de salida que se encuentran en /out/predict en tifs dentro del cluster de la siguiente manera:

source venv/bin/activate
cd General
pip install ipython
ipython

Y en la consola con python:

import sleuth_automation as sa
sa.configure (sleuth_path=’/srv/home/fidel/sleuth_gd_aguas/’, use_mpi=False
municipios = [‘comondu’, ‘lapaz’, ‘loreto’, ‘loscabos’, ‘mulege’]
for m in municipios:
print u’va /srv/home/usuario/General/%s/’ % m 
l = sa.Location(m, u’/srv/home/usuario/General/%s/’ % m)
l.gif2tif(2008, 2060)

Cuando haya terminado, se obtendrán las capas en tif dentro de las carpetas de cada municipio /out/predict

JuanCarloshgo commented 5 years ago

Unión Sleuth

Por último, para unir los tifs de cada municipio para cada año, se utiliza el script “extendRasters.py” que se encuentra en C:\Dropbox (LANCIS)\SIG\sig_papiit\procesamiento\union_sleuth forzosamente dentro de QGIS 2, pues se desarrolló en esta versión y necesita tener acceso a los procesos de Orfeo toolbox (OTB), los cuales no se encuentran por default en QGIS 3.

Se ejecuta todo el script, si es necesario modificar las rutas como la de la línea: 

el_path = “P:/General”

Se genera la carpeta “unified” con capas para cada municipio en cada año, pero con la extensión de todo el estado de BCS; y en la carpeta “General” se generan las capas ya unidas de BCS para cada año con el nombre de “urban_2009”, “urban_2010”, etc.