analyse-R/comparaisons-moyennes-et-proportions

[utterances-bot]

Comparaisons (moyennes et proportions)

http://larmarange.github.io/analyse-R/comparaisons-moyennes-et-proportions.html

[louiskuhn]

Bonjour, Je me tourne vers vous j'ai un petit problème technique (théorique même à vrai dire) sur un test de significativité. J'ai une variable csp et une variable group_contamination à 3 modalités (pas de contamination, contamination avant, contamination après). Les données sont pondérées donc j'obtiens le X2 et la p-value en faisant:

dw <- svydesign(ids=~1, data=data, weights=~data$wgts)
svychisq(~group_contamination+csp, dw, statistic="Chisq")$.pvalue

Voilà les résultats après une petite mise en forme avec pour chaque cellule : proportion pondérée (effectifs non pondérés)

	contamination avant	contamination pendant	P-Value**
Social Class			0.234
Upper class	8.8 (500)	4.3 (218)
Upper middle class	8.5 (205)	4.4 (98)
Lower middle class	8 (72)	5.4 (42)
Working class	6.9 (66)	5.5 (42)
Health professional	6.2 (30)	7.7 (31)

On me demande de tester la significativité de la différence avant/pendant pour chaque csp, ce qui revient à associer une p-value pour chaque ligne et là je suis un peu perdu...est-ce que vous sauriez m'éclairer ou me dire vers où me tourner ?

ps : ce que j'ai fait mais sans être convaincu théoriquement, c'est tester group_contamination vs une variable binaire pour chaque csp

data$upper <- ifelse(data$csp=="upper class", 1, 0)
dw <- svydesign(ids=~1, data=data, weights=~data$wgts)
svychisq(~group_contamination+upper, dw, statistic="Chisq")$.pvalue

[larmarange]

Il me semble que votre problème se situe sur la manière de formuler correctement votre question, sachant qu'il s'agit de la poser de manière stratifiée (c'est-à-dire séparément pour chaque CSP).

Si votre question est Les personnes se sont-elles plus contaminé avant ou après ?, alors vous ne devriez prendre en compte que les personnes contaminées, regarder la proportion de avant et vous pourriez alors tester si elle est significativement différente de 50%.

Si la question est plus tôt de savoir si le risque de s'infecter était plus élevé avant ou après, alors il faut que preniez en compte qui sont les personnes à risques :

• les personnes qui se sont infectées avant peuvent-elles se réinfecter après ? Si ce n'est pas possible, elle ne sont donc plus à risque après et elles devraient donc être exclues du calcul du taux de contamination après qui lui ne serait alors calculé que sur les personnes exposées au risque après. Vous auriez alors, pour une même CSP, deux taux avec deux numérateurs et deux dénominateurs différents. Vous procéderiez alors à un test de comparaison de deux proportions.
• en toute rigueur, si l'on cherche à comparer un risque d'infection sur deux périodes différentes, alors il faudrait comparer des incidences. Mais pour le calcul d'incidence, vous devez connaitre pour chaque individu la durée de période à risque puisqu'une incidence rapporte un nombre de cas à un nombre de personnes-années. Si vous ne disposez pas de cette information, alors, vous ne pouvez pas vraiment comparer le avant/après. Si la période avant porte sur 6 mois et la période après sur 2 mois, il serait normal qu'il y ait plus de contaminations avant.

[louiskuhn]

Merci beaucoup pour votre réponse très rapide ! Et complète !