GPU ScipionCloud image on FedCloud does not work

ldelcano / scipion

Scipion is an image processing framework to obtain 3D models of macromolecular complexes using Electron Microscopy (3DEM)

http://scipion.i2pc.es

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GPU ScipionCloud image on FedCloud does not work #13

Closed ldelcano closed 6 years ago

ldelcano commented 6 years ago

Only cuda-toolkit is installed and therefore nvidia driver is missing . Also, see how to solve problem with reboot and installation order:

install driver (cuda runtime)
reboot
install cuda toolkit
install VirtualGL and configure nvidia configuration is also needed but not sure if it has to be done before virtualgl or in contextualization script (when we are sure a GPU is present)

ldelcano commented 6 years ago

Aparentemente el problema es que Cuda esta mal instalado, falta parte de envidia y del toolkit. Despues de varias pruebas creo que el problema es que 8 GB es muy poco para instalar todo esto. Subo el tamaño de disco en la imagen a 10 GB.

ldelcano commented 6 years ago

Arreglado y probado. Subida nueva ova a AppDB y comunicado a VO. Probada en IISAS, necesita un cambio en el contextualization script ya que nvidia tiene que ser inicializada entonces y despues hay que hacer reboot.