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ldelcano / scipion

Scipion is an image processing framework to obtain 3D models of macromolecular complexes using Electron Microscopy (3DEM)
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Preparar maquina GPU en IFCA para Melero #14

Closed ldelcano closed 6 years ago

ldelcano commented 6 years ago

Relacionado con el trabajo con IberGrid, Melero va a procesar unos datos en una máquina de IFCA.

ldelcano commented 6 years ago

Al final no lo hace Melero sino Peter/David con unos datos de EMPIAR (10181). Tras varios intentos fallidos creo una g4.4xlarge (8 GPUs M1080ti, 8 CPUs y 15 GB RAM) para empezar con el procesamiento. Igual la RAM no es suficiente para relion pero la mayor (g4.6xlarge), con 30 GB RAM, no parece estar disponible.

ldelcano commented 6 years ago

Los datos de EMPIAR 10181 parecian incorrectos (blurred) asi que va a a coger la betagalactosidade 10061.

ldelcano commented 6 years ago

Empieza procesando con una g4.4xlarge (8 GPUs, 15 GB y 8 CPUs) pero despues del motioncor ya se ve que es insuficiente. Cambiamos a una g3.xlarge (1 GPU, 12 CPUs y 22 GB RAM). Con estos datos en superresolucion y mucha maginification esta maquina es muy muy insuficiente, ya que hay que downsamplear mucho para que la RAM lo procese. Conclusión maquina insuficiente (por la RAM basicamente).

ldelcano commented 6 years ago

Escribo report. Descargo proyecto en nolan. Libro recursos en IFCA.