ldelcano / scipion

Scipion is an image processing framework to obtain 3D models of macromolecular complexes using Electron Microscopy (3DEM)
http://scipion.i2pc.es
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Setup torvalds #20

Closed ldelcano closed 6 years ago

ldelcano commented 6 years ago

Arnau (eyeseetea) y David M han estado preparando el sistema de colas y las GPUs en torvalds. Continuar testeando.

ldelcano commented 6 years ago

Ha habido que cambiar alguna cosa en el hosts.conf. He conseguido compilar opencv (y xmipp) en ubuntu 18 con cuda 8 (https://docs.google.com/document/d/1SyGvGtJCdBRK9VRNrgBc43SGrS0_hgp3qVhrTIApy2c/edit?usp=sharing) y Arnau ha preparado un howto para usar torvalds (https://docs.google.com/document/d/1K2-v2FpoZrH0IolNbT0tkY7W-hBJpy0sXhK3mQViHnA/edit?usp=sharing) aunque aun hay cosas que pulir: Por ejemplo, para que funcione la sumission con gpu (que tiene que hacerse por cola) las bbdd sqlite tienen que tener permisos 664 pero si no queremos tener que modificar el codigo como propone arnau deberiamos usar umask. el problema es que sqlite no respeta umask y estamos viendo una solucion compilando con un flag SQLITE_DEFAULT_FILE_PERMISSIONS que se nos resiste. Por otra parte para compilar opencv con CUDA he tenido que usar el gcc y g++ 5 en lugar del 6 que viene por defecto en Ubuntu 18. Puede que eso no use posibles optimizaciones asi que intentar pasar el 5 a opencv y usar el 6 para el resto. Matplotlib tampoco compila con gcc-6 asi que lo pongo por defecto al 5 para todos.

ldelcano commented 6 years ago

Gempicker no funciona con cuda 8 ni cuda 9, habria que instalar tb cuda 7.5. Motioncor2, Gctf, Gautomatch, Relion y OF funcionan