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lem-usp / EvolQG

Tools for Evolutionary Quantitative Genetics
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Error: BootstrapRepMantelCor(iris[,1:4], 5) #96

Closed drossoni closed 9 years ago

drossoni commented 9 years ago

O exemplo da função "BootstrapRepMantelCor" está dando erro. Erro reportado abaixo:

Set of permutations < 'minperm'. Generating entire set. Error in if (ncol(permat) != N) stop(gettextf("'permutations' have %d columns, but data have %d observations", : argument is of length zero

diogro commented 9 years ago

A syntaxe agora é: 

> BootstrapRep(iris[,1:4], MantelCor, iterations = 5, correlation = TRUE)
'nperm' > set of all permutations; Resetting 'nperm'.
Set of permutations < 'minperm'. Generating entire set.
'nperm' > set of all permutations; Resetting 'nperm'.
Set of permutations < 'minperm'. Generating entire set.
'nperm' > set of all permutations; Resetting 'nperm'.
Set of permutations < 'minperm'. Generating entire set.
'nperm' > set of all permutations; Resetting 'nperm'.
Set of permutations < 'minperm'. Generating entire set.
'nperm' > set of all permutations; Resetting 'nperm'.
Set of permutations < 'minperm'. Generating entire set.
[1] 0.9991362

Esses avisos aparecem pq o numero de permutações padrão no calculo da signigicancia da MantelCor é maior que o numero de permutações total possivel pra 4 caracteres. Isso não altera o resultado da repetibilidade. Vc pode suprimir o aviso usando a MatrixCor pro calculo de repetibilidade:

> BootstrapRep(iris[,1:4], MatrixCor, iterations = 5, correlation = TRUE)
[1] 0.999813