Rho and theta zero

[lauscherin]

Hi, I'm using PSMC for the first time and received an error after running the command: utils/psmc2history.pl diploid.psmc | utils/history2ms.pl > ms-cmd.sh Error: Illegal division by zero at ./installedPrograms/psmc/utils/history2ms.pl line 48, <> line 31.

I figured out that in the results of psmc2history.pl theta and rho equal zero. What could be the reason for this observation? Many thanks in advance, Angela

[lh3]

What is in diploid.psmc?

[lauscherin]

Here¹s a piece of my diploid.psmc-outfile:

CC CC Brief Description of the file format: CC CC comments CC MM useful-messages CC RD round-of-iterations CC LL \log[P(sequence)] CC QD Q-before-opt Q-after-opt CC TR \theta_0 \rho_0 CC RS k t_k \lambda_k \pik \sum{l\not=k}A{kl} A{kk} CC DC begin end best-k t_k+\Delta_k max-prob CC MM Version: 0.6.5-r67 MM pattern:4+25_2+4+6, n:63, n_free_lambdas:28 MM n_iterations:25, skip:1, max_t:15, theta/rho:5 MM is_decoding:0 MM n_seqs:14310, sum_L:29204089, sum_n:0 RD 0 LK 0.000000 QD 0.000000 -> 0.000000 RI nan TR -0.000000 -0.000000 MT 15.000000 MM C_pi: 1.000000, n_recomb: -0.000000 RS 0 0.000000 1.000000 nan nan 0.000000 RS 1 0.008290 1.000000 nan nan 0.000000 RS 2 0.017266 1.000000 nan nan 0.000000 RS 3 0.026987 1.000000 nan nan 0.000000 RS 4 0.037514 1.000000 nan nan 0.000000 RS 5 0.048914 1.000000 nan nan 0.000000 RS 6 0.061258 1.000000 nan nan 0.000000 RS 7 0.074626 1.000000 nan nan 0.000000 RS 8 0.089102 1.000000 nan nan 0.000000 RS 9 0.104778 1.000000 nan nan 0.000000 RS 10 0.121753 1.000000 nan nan 0.000000 RS 11 0.140135 1.000000 nan nan 0.000000 RS 12 0.160042 1.000000 nan nan 0.000000 RS 13 0.181598 1.000000 nan nan 0.000000 RS 14 0.204942 1.000000 nan nan 0.000000 RS 15 0.230221 1.000000 nan nan 0.000000 RS 16 0.257595 1.000000 nan nan 0.000000 RS 17 0.287238 1.000000 nan nan 0.000000 RS 18 0.319339 1.000000 nan nan 0.000000 RS 19 0.354100 1.000000 nan nan 0.000000 RS 20 0.391744 1.000000 nan nan 0.000000 RS 21 0.432507 1.000000 nan nan 0.000000 RS 22 0.476650 1.000000 nan nan 0.000000 RS 23 0.524453 1.000000 nan nan 0.000000 RS 24 0.576218 1.000000 nan nan 0.000000 RS 25 0.632274 1.000000 nan nan 0.000000 RS 26 0.692977 1.000000 nan nan 0.000000 RS 27 0.758711 1.000000 nan nan 0.000000 RS 28 0.829896 1.000000 nan nan 0.000000 RS 29 0.906981 1.000000 nan nan 0.000000 RS 30 0.990456 1.000000 nan nan 0.000000 RS 31 1.080851 1.000000 nan nan 0.000000 RS 32 1.178739 1.000000 nan nan 0.000000 RS 33 1.284742 1.000000 nan nan 0.000000 RS 34 1.399532 1.000000 nan nan 0.000000 RS 35 1.523838 1.000000 nan nan 0.000000 RS 36 1.658449 1.000000 nan nan 0.000000 RS 37 1.804218 1.000000 nan nan 0.000000 RS 38 1.962071 1.000000 nan nan 0.000000 RS 39 2.133009 1.000000 nan nan 0.000000 RS 40 2.318118 1.000000 nan nan 0.000000 RS 41 2.518571 1.000000 nan nan 0.000000 RS 42 2.735641 1.000000 nan nan 0.000000 RS 43 2.970706 1.000000 nan nan 0.000000 RS 44 3.225257 1.000000 nan nan 0.000000 RS 45 3.500909 1.000000 nan nan 0.000000 RS 46 3.799411 1.000000 nan nan 0.000000 RS 47 4.122659 1.000000 nan nan 0.000000 RS 48 4.472702 1.000000 nan nan 0.000000 RS 49 4.851763 1.000000 nan nan 0.000000 RS 50 5.262247 1.000000 nan nan 0.000000 RS 51 5.706758 1.000000 nan nan 0.000000 RS 52 6.188118 1.000000 nan nan 0.000000 RS 53 6.709380 1.000000 nan nan 0.000000 RS 54 7.273854 1.000000 nan nan 0.000000 RS 55 7.885120 1.000000 nan nan 0.000000 RS 56 8.547059 1.000000 nan nan 0.000000 RS 57 9.263869 1.000000 nan nan 0.000000 RS 58 10.040101 1.000000 nan nan 0.000000 RS 59 10.880679 1.000000 nan nan 0.000000 RS 60 11.790939 1.000000 nan nan 0.000000 RS 61 12.776655 1.000000 nan nan 0.000000 RS 62 13.844085 1.000000 nan nan 0.000000 RS 63 15.000000 1.000000 nan nan 0.000000 PA 4+25_2+4+6 -0.000000000 -0.000000000 15.000000000 1.000000000 1.000000000 1.000000000 1.000000000 1.000000000 1.000000000 1.000000000 1.000000000 1.000000000 1.000000000 1.000000000 1.000000000 1.000000000 1.000000000 1.000000000 1.000000000 1.000000000 1.000000000 1.000000000 1.000000000 1.000000000 1.000000000 1.000000000 1.000000000 1.000000000 1.000000000 1.000000000 1.000000000 // IT 1489 RD 1 LK nan QD -100000000000000005250476025520442024870446858110815915491585411551180245798 8908195786371375080447864043704443832883878176942523235360430575644792184786 7069828483872009265758037378302337947880900593689532349707999450811190389676 40880074652742780142494579258788820056842838115669472196386865459400540160.0 00000 -> -100000000000000005250476025520442024870446858110815915491585411551180245798 8908195786371375080447864043704443832883878176942523235360430575644792184786 7069828483872009265758037378302337947880900593689532349707999450811190389676 40880074652742780142494579258788820056842838115669472196386865459400540160.0 00000 RI nan TR 0.000000 0.000000 MT 15.000000 MM C_pi: 1.000000, n_recomb: 0.000000 RS 0 0.000000 1.000000 nan nan nan RS 1 0.008290 1.000000 nan nan nan RS 2 0.017266 1.000000 nan nan nan RS 3 0.026987 1.000000 nan nan nan RS 4 0.037514 1.000000 nan nan nan RS 5 0.048914 1.000000 nan nan nan RS 6 0.061258 1.000000 nan nan nan RS 7 0.074626 1.000000 nan nan nan RS 8 0.089102 1.000000 nan nan nan RS 9 0.104778 1.000000 nan nan nan RS 10 0.121753 1.000000 nan nan nan RS 11 0.140135 1.000000 nan nan nan RS 12 0.160042 1.000000 nan nan nan RS 13 0.181598 1.000000 nan nan nan RS 14 0.204942 1.000000 nan nan nan RS 15 0.230221 1.000000 nan nan nan RS 16 0.257595 1.000000 nan nan nan RS 17 0.287238 1.000000 nan nan nan RS 18 0.319339 1.000000 nan nan nan RS 19 0.354100 1.000000 nan nan nan RS 20 0.391744 1.000000 nan nan nan RS 21 0.432507 1.000000 nan nan nan RS 22 0.476650 1.000000 nan nan nan RS 23 0.524453 1.000000 nan nan nan RS 24 0.576218 1.000000 nan nan nan RS 25 0.632274 1.000000 nan nan nan RS 26 0.692977 1.000000 nan nan nan RS 27 0.758711 1.000000 nan nan nan RS 28 0.829896 1.000000 nan nan nan RS 29 0.906981 1.000000 nan nan nan RS 30 0.990456 1.000000 nan nan nan RS 31 1.080851 1.000000 nan nan nan RS 32 1.178739 1.000000 nan nan nan RS 33 1.284742 1.000000 nan nan nan RS 34 1.399532 1.000000 nan nan nan RS 35 1.523838 1.000000 nan nan nan RS 36 1.658449 1.000000 nan nan nan RS 37 1.804218 1.000000 nan nan nan RS 38 1.962071 1.000000 nan nan nan RS 39 2.133009 1.000000 nan nan nan RS 40 2.318118 1.000000 nan nan nan RS 41 2.518571 1.000000 nan nan nan RS 42 2.735641 1.000000 nan nan nan RS 43 2.970706 1.000000 nan nan nan RS 44 3.225257 1.000000 nan nan nan RS 45 3.500909 1.000000 nan nan nan RS 46 3.799411 1.000000 nan nan nan RS 47 4.122659 1.000000 nan nan nan RS 48 4.472702 1.000000 nan nan nan RS 49 4.851763 1.000000 nan nan nan RS 50 5.262247 1.000000 nan nan nan RS 51 5.706758 1.000000 nan nan nan RS 52 6.188118 1.000000 nan nan nan RS 53 6.709380 1.000000 nan nan nan RS 54 7.273854 1.000000 nan nan nan RS 55 7.885120 1.000000 nan nan nan RS 56 8.547059 1.000000 nan nan nan RS 57 9.263869 1.000000 nan nan nan RS 58 10.040101 1.000000 nan nan nan RS 59 10.880679 1.000000 nan nan nan RS 60 11.790939 1.000000 nan nan nan RS 61 12.776655 1.000000 nan nan nan RS 62 13.844085 1.000000 nan nan nan RS 63 15.000000 1.000000 nan nan nan PA 4+25_2+4+6 0.000000000 0.000000000 15.000000000 1.000000000 1.000000000 1.000000000 1.000000000 1.000000000 1.000000000 1.000000000 1.000000000 1.000000000 1.000000000 1.000000000 1.000000000 1.000000000 1.000000000 1.000000000 1.000000000 1.000000000 1.000000000 1.000000000 1.000000000 1.000000000 1.000000000 1.000000000 1.000000000 1.000000000 1.000000000 1.000000000 1.000000060 // IT 1489 RD 2 LK nan QD -100000000000000005250476025520442024870446858110815915491585411551180245798 8908195786371375080447864043704443832883878176942523235360430575644792184786 7069828483872009265758037378302337947880900593689532349707999450811190389676 40880074652742780142494579258788820056842838115669472196386865459400540160.0 00000 -> -100000000000000005250476025520442024870446858110815915491585411551180245798 8908195786371375080447864043704443832883878176942523235360430575644792184786 7069828483872009265758037378302337947880900593689532349707999450811190389676 40880074652742780142494579258788820056842838115669472196386865459400540160.0 00000 RI nan TR 0.000000 0.000000 MT 15.000000 MM C_pi: 1.000000, n_recomb: 0.000000 RS 0 0.000000 1.000000 nan nan nan RS 1 0.008290 1.000000 nan nan nan RS 2 0.017266 1.000000 nan nan nan RS 3 0.026987 1.000000 nan nan nan RS 4 0.037514 1.000000 nan nan nan RS 5 0.048914 1.000000 nan nan nan RS 6 0.061258 1.000000 nan nan nan RS 7 0.074626 1.000000 nan nan nan RS 8 0.089102 1.000000 nan nan nan RS 9 0.104778 1.000000 nan nan nan RS 10 0.121753 1.000000 nan nan nan RS 11 0.140135 1.000000 nan nan nan RS 12 0.160042 1.000000 nan nan nan RS 13 0.181598 1.000000 nan nan nan RS 14 0.204942 1.000000 nan nan nan RS 15 0.230221 1.000000 nan nan nan RS 16 0.257595 1.000000 nan nan nan RS 17 0.287238 1.000000 nan nan nan RS 18 0.319339 1.000000 nan nan nan RS 19 0.354100 1.000000 nan nan nan RS 20 0.391744 1.000000 nan nan nan RS 21 0.432507 1.000000 nan nan nan RS 22 0.476650 1.000000 nan nan nan RS 23 0.524453 1.000000 nan nan nan RS 24 0.576218 1.000000 nan nan nan RS 25 0.632274 1.000000 nan nan nan RS 26 0.692977 1.000000 nan nan nan RS 27 0.758711 1.000000 nan nan nan RS 28 0.829896 1.000000 nan nan nan RS 29 0.906981 1.000000 nan nan nan RS 30 0.990456 1.000000 nan nan nan RS 31 1.080851 1.000000 nan nan nan RS 32 1.178739 1.000000 nan nan nan RS 33 1.284742 1.000000 nan nan nan RS 34 1.399532 1.000000 nan nan nan RS 35 1.523838 1.000000 nan nan nan RS 36 1.658449 1.000000 nan nan nan RS 37 1.804218 1.000000 nan nan nan RS 38 1.962071 1.000000 nan nan nan RS 39 2.133009 1.000000 nan nan nan RS 40 2.318118 1.000000 nan nan nan RS 41 2.518571 1.000000 nan nan nan RS 42 2.735641 1.000000 nan nan nan RS 43 2.970706 1.000000 nan nan nan RS 44 3.225257 1.000000 nan nan nan RS 45 3.500909 1.000000 nan nan nan RS 46 3.799411 1.000000 nan nan nan RS 47 4.122659 1.000000 nan nan nan RS 48 4.472702 1.000000 nan nan nan RS 49 4.851763 1.000000 nan nan nan RS 50 5.262247 1.000000 nan nan nan RS 51 5.706758 1.000000 nan nan nan RS 52 6.188118 1.000000 nan nan nan RS 53 6.709380 1.000000 nan nan nan RS 54 7.273854 1.000000 nan nan nan RS 55 7.885120 1.000000 nan nan nan RS 56 8.547059 1.000000 nan nan nan RS 57 9.263869 1.000000 nan nan nan RS 58 10.040101 1.000000 nan nan nan RS 59 10.880679 1.000000 nan nan nan RS 60 11.790939 1.000000 nan nan nan RS 61 12.776655 1.000000 nan nan nan RS 62 13.844085 1.000000 nan nan nan RS 63 15.000000 1.000000 nan nan nan PA 4+25_2+4+6 0.000000000 0.000000000 15.000000000 1.000000000 1.000000000 1.000000000 1.000000000 1.000000000 1.000000000 1.000000000 1.000000000 1.000000000 1.000000000 1.000000000 1.000000000 1.000000000 1.000000000 1.000000000 1.000000000 1.000000000 1.000000000 1.000000000 1.000000000 1.000000000 1.000000000 1.000000000 1.000000000 1.000000000 1.000000000 1.000000000 1.000000119 //

Von: Heng Li notifications@github.com Antworten an: lh3/psmc <reply+00a9392fad73ec8c49a3317481c6e274ed416ee75c52bcd292cf0000000112b8ba4a9 2a169ce079cd033@reply.github.com> Datum: Thursday 21 January 2016 16:24 An: lh3/psmc psmc@noreply.github.com Cc: Angela Noll angienoll@gmx.de Betreff: Re: [psmc] Rho and theta zero (#4)

What is in diploid.psmc?

‹ Reply to this email directly or view it on GitHub https://github.com/lh3/psmc/issues/4#issuecomment-173605101 .

[willright28]

hi @lauscherin ，have you solved this problem？Cuz I have the same problem with you, the diploid.psmc contains a lot of "nan". Thanks in advance!

[jpcolella]

I'm having the same issue - has anyone been able to figure it out??

[GabrieleNocchi]

same issue too

[yuntwang]

Is this problem solved?

[GabrieleNocchi]

No that I know of. I ended up using MSMC