liibre / Rocc

Get species occurrence data from speciesLink and GBIF, and species lists from the Brazilian Flora 2020. Perform basic taxonomic checks based on Brazilian Flora 2020. Download GADM, WDPA and DIVA-GIS gazetteer shapefiles.
https://liibre.github.io/Rocc/
16 stars 5 forks source link

FB2020 API out of service? #10

Open domingoscardoso opened 2 years ago

domingoscardoso commented 2 years ago

Olá Andrea e Sara,

estou tentando usar a função check_flora() do pacote Rocc de vocês... tá retornando o erro "Flora 2020 API is out of service"...

Fui lá no seu código da função e testei a parte que interage com o API usando um exemplo abaixo:

api <- "http://servicos.jbrj.gov.br/flora/taxon/" jsonlite::fromJSON(paste0(api, "Caesalpinia"))

e então retornou este erro abaixo>

Error in parse_con(txt, bigint_as_char) : parse error: trailing garbage ] } ] }Conectado com: 10.10.100.29<br/ (right here) ------^

Poderia me ajudar a resolver isso??? De fato, quando eu busco no navegador por "http://servicos.jbrj.gov.br/flora/taxon/Caesalpinia", eu consigo ver o texto lá completo. Então o API parece estar funcionando, não???

Grato pela atenção!

Domingos Cardoso

AndreaSanchezTapia commented 2 years ago

Oi @domingoscardoso, sim, isso acontece às vezes. Tentando com outra função eu recebo:

jsonify::from_json(paste0(api, "caesalpinia"))
Error in rcpp_from_json(json, simplify, fill_na) : json parse error
In addition: Warning message:
In readLines(con) :
  incomplete final line found on 'http://servicos.jbrj.gov.br/flora/taxon/caesalpinia'
AndreaSanchezTapia commented 2 years ago

É a versão 2 que está funcionando, em:

https://servicos.jbrj.gov.br/v2/flora/taxon/

Vou modificar no pacote, por favor nos conte se isso resolver.

pablopains commented 2 years ago

A versão 2 da AIP está mais estável https://servicos.jbrj.gov.br/v2/flora/taxon/gardnerina%20angustata abçPablo Hendrigo Alves de Melo

Biólogo +55 31 99108-2548 Skype: pablopains

Em sexta-feira, 25 de março de 2022 21:40:21 BRT, AndreaSanchezTapia ***@***.***> escreveu:  

Oi @domingoscardoso, sim, isso acontece às vezes. Tentando com outra função eu recebo: jsonify::from_json(paste0(api, "caesalpinia")) Error in rcpp_from_json(json, simplify, fill_na) : json parse error In addition: Warning message: In readLines(con) : incomplete final line found on 'http://servicos.jbrj.gov.br/flora/taxon/caesalpinia'

— Reply to this email directly, view it on GitHub, or unsubscribe. You are receiving this because you are subscribed to this thread.Message ID: @.***>

domingoscardoso commented 2 years ago

Oi gente!

Muito grato pelo retorno... desculpem não ter respondido antes. Eu tinha conseguido uma solução para checar uns dados através de outro pacote, mas certamente irei testar novamente com o pacote de vocês também!

Abraços,

Domingos

On Fri, Mar 25, 2022 at 9:47 PM AndreaSanchezTapia @.***> wrote:

É a versão 2 que está funcionando, em:

https://servicos.jbrj.gov.br/v2/flora/taxon/

Vou modificar no pacote, por favor nos conte se isso resolver.

— Reply to this email directly, view it on GitHub https://github.com/liibre/Rocc/issues/10#issuecomment-1079537563, or unsubscribe https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/AHGCVPM3VFQRHZM7ZGCBHTDVBZNCNANCNFSM5RO7KAPQ . You are receiving this because you were mentioned.Message ID: @.***>

--

Dr Domingos Cardoso Instituto de Biologia Universidade Federal da Bahia (UFBA) Rua Barão de Jeremoabo, s.n., Ondina 40170-115, Salvador, Bahia, Brasil Tel. +55 71 3283 6536 cv http://lattes.cnpq.br/2228981567893077 http://www.researchgate.net/profile/Domingos_Cardoso https://www.researchgate.net/profile/Domingos_Cardoso