KGM e KGM-A

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Motivação

Dentre as redes 2D de COFs uma das possíveis é as redes KGM e KGM-A.

O que deve ser feito?

Adicionar os códigos para a criação dessas redes.

Etapas para a realização desta tarefa:

• [x] Definir os pontos cristalográficos dos nós da rede
• [x] Adicionar o código para criar a rede KGM
• [x] Adicionar o código para criar a rede KGM-A
• [ ] Buscar blocos de construição novos para essa rede
• [ ] Adicionar esses blocos de construção
• [ ] Testar as estruturas geradas
• [ ] Estudar os possíveis tipos de empilhamento para essa rede;
• [ ] Adicionar os empilhamentos possíveis.

O que será obtido ao final dessa tarefa?

A possibilidade de criar redes KGM e KGM-A.

Possui prazo limite de conclusão?

Não

Mais alguma outra coisa?

Os blocos de construção para a criação dessa rede devem ser adicionados. Os tipos de empilhamentos possíveis devem ser estudados.

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Highly photoluminescent two-dimensional imine-based covalent organic frameworks for chemical sensing Qiang Gao, Xing Li, Guo-Hong Ning, Kai Leng, Bingbing Tian, Cuibo Liu, Wei Tang, Hai-Sen Xu and Kian Ping Loh DOI: 10.1039/C7CC09866A (Communication) Chem. Commun., 2018, 54, 2349-235

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Design and applications of three dimensional covalent organic frameworks Xinyu Guan , Fengqian Chen , Qianrong Fang and Shilun Qiu DOI: 10.1039/C9CS00911F (Review Article) Chem. Soc. Rev., 2020, 49, 1357-1384

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A supermolecular building approach for the design and construction of metal–organic frameworks Vincent Guillerm, Dongwook Kim, Jarrod F. Eubank, Ryan Luebke, Xinfang Liu, Karim Adil, Myoung Soo Lah and Mohamed Eddaoudi DOI: 10.1039/C4CS00135D (Review Article) Chem. Soc. Rev., 2014, 43, 6141-6172

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KGM

http://rcsr.anu.edu.au/layers/kgm

P6/mmm a = b = 2.0000
c = 10.0000
alpha = beta = 90.0
gamma = 120.0 x = 0.5, 0, 0.5

KGM-A

http://rcsr.anu.edu.au/layers/fxt

P6/mmm a = b = 4.7321 c = 10.0000
alpha = beta = 90.0
gamma = 120.0 x = 0.4553, 0.1220 , 0.500

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The Reticular Chemistry Structure Resource (RCSR) Database of, and Symbols for, Crystal Nets Michael O’Keeffe†, Maxim A. Peskov†, Stuart J. Ramsden‡, and Omar M. Yaghi*§ View Author Information Cite this: Acc. Chem. Res. 2008, 41, 12, 1782–1789 Publication Date:October 4, 2008 https://doi.org/10.1021/ar800124u

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Topology Meets Reticular Chemistry for Chemical Separations: MOFs as a Case Study Prashant M.BhattVincentGuillerm2 Shuvo JitDatta AleksanderShkurenko MohamedEddaoudi Available online 9 July 2020, Version of Record 9 July 2020. DOI: 10.1016/j.chempr.2020.06.018

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A reticular chemistry guide for the design of periodic solids. Jiang, H., Alezi, D. & Eddaoudi, M. Nat Rev Mater 6, 466–487 (2021). DOI: 10.1038/s41578-021-00287-y

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#======================================================================
# CRYSTAL DATA
#----------------------------------------------------------------------
data_VESTA_phase_1

_chemical_name_common                  'New structure'
_cell_length_a                         7.732100
_cell_length_b                         7.732100
_cell_length_c                         10.000000
_cell_angle_alpha                      90.000000
_cell_angle_beta                       90.000000
_cell_angle_gamma                      120.000000
_cell_volume                           517.756497
_space_group_name_H-M_alt              'P 6/m m m'
_space_group_IT_number                 191

loop_
_space_group_symop_operation_xyz
   'x, y, z'
   '-x, -y, -z'
   '-y, x-y, z'
   'y, -x+y, -z'
   '-x+y, -x, z'
   'x-y, x, -z'
   '-x, -y, z'
   'x, y, -z'
   'y, -x+y, z'
   '-y, x-y, -z'
   'x-y, x, z'
   '-x+y, -x, -z'
   'y, x, -z'
   '-y, -x, z'
   'x-y, -y, -z'
   '-x+y, y, z'
   '-x, -x+y, -z'
   'x, x-y, z'
   '-y, -x, -z'
   'y, x, z'
   '-x+y, y, -z'
   'x-y, -y, z'
   'x, x-y, -z'
   '-x, -x+y, z'

loop_
   _atom_site_label
   _atom_site_occupancy
   _atom_site_fract_x
   _atom_site_fract_y
   _atom_site_fract_z
   _atom_site_adp_type
   _atom_site_U_iso_or_equiv
   _atom_site_type_symbol
   C          1.0     0.455300     0.122000     0.500000    Uiso  0.050000 C
   F          1.0     0.500000     0.000000     0.500000    Uiso  0.050000 F
   F          1.0     0.455300     0.227667     0.500000    Uiso  0.050000 F

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Os blocos de construção C4 estão com os grupos conectores sendo adicionados em sentido horário, isso parece estar errado e gerando estruturas erradas, como mostra a figura abaixo.

Os blocos devem ser adicionados para cima (na parte superior) e para baixo (na parte inferior).

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KGM: kgm.cif.txt KGM-A: kgm_a.cif.txt

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O problema citado acima foi parcialmente corrigido. Para o bloco de construção TRE a estrutura não está 100% correta, mas o resultado é aceitável.

Entretanto, quando outro bloco como o TPPY é utilizado por exemplo esse pequeno erro é potencializado, levando a um resultado muito errado.

O erro parece estar no correto posicionamento dos blocos lineares. Atualmente, eles são posicionados de maneira fixa como mostra a imagem abaixo:

Entretanto, parece que sua posição deve ser determinada de maneira relativa à posição dos pontos Q do outro bloco de construção. Não está claro para mim atualmente qual a melhor maneira de fazer isso.