Escrita do artigo pyCOFBuilder

[lipelopesoliveira]

O que deve ser feito?

Escrita do artigo do pyCOFBuilder, descrevendo suas principais funcionalidades, benchmarks dos resultados e tudo mais.

O que será obtido ao final dessa tarefa?

Versão do artigo pronta para submissão.

Possui prazo limite ce conclusão?

Não

Mais alguma outra coisa?

Link para o artigo: https://www.overleaf.com/project/62a8cd22f2ce185d3524a4e7

Layout do artigo

Introdução

• [x] O que são COFs e quais são suas aplicações
• [x] Química reticular e suas vantagens
• [x] Cálculos high-througput como novo paradigma da pesquisa
• [x] Banco de dados existentes e suas limitações
• [x] Apresentação do pyCOFbuilder e descrição das principais características e resultados

Resultados

• [x] Explicar o racional por trás da nonemclatura
• [x] Explicar em detalhes a forma de construção dos Building Blocks
• [x] Explicar em detalhes a forma de construção de um Reticulum
• [x] Explicar em detalhes a organização do código e funcionamento das classes.
• [x] Mostrar um exemplo de utilização para construção de uma estrutura específica e discutir possibilidade de geração de múltiplas variantes estruturais
• [x] #31
• [x] Otimizar as estruturas geradas pelo pyCOFBuilder e analisar se na média o resultado muda muito.
• [x] Explorar aplicação para captura de gases poluentes.

Metodologia

• [ ] Métodos DFT
• [ ] Métodos para o cálculo de cargas parciais
• [ ] Motodologia GCMC

To-do

• [ ] Refazer Figura 1 do artigo.
  • Essa figura devera apresentar de maneira simples e clara o processo de criação da estrutura a partir dos conceitos de Química Reticular.
• [ ] Preparar Figura 2 do artigo.
  • Essa figura deverá ser um painel, que apresente vários conceitos em uma figura só. Texto provisório de descrição da figura:

Example of organic cores, connection groups and functional groups available to generate a COF structures. The organic cores are enconded on the COF string representation using the four letter code presented below the structures. Although arbitrarily defined, the letters are thought to represent an abbreviation of the IUPAC name of the molecule from which the organic core is derived. Q marks the position of the connection groups and Rx marks the position of the functional groups. Both the connection group and functional groups are encoded using the common chemistry abreviation

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molSimplify: A toolkit for automating discovery in inorganic chemistry

https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1002/jcc.24437?saml_referrer

DJMol: An open-source modeling platform for computational chemistry and materials science with a Python interpreter

https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1002/jcc.26740

Automating the Shared Resource Laboratory Using Computer Scripts: A Case Report

https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1002/cyto.a.23775

IOData: A python library for reading, writing, and converting computational chemistry file formats and generating input files

https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1002/jcc.26468

On the reticular construction concept of covalent organic frameworks

https://www.beilstein-journals.org/bjnano/content/pdf/2190-4286-1-8.pdf

In Silico Design of Three-Dimensional Porous Covalent Organic Frameworks via Known Synthesis Routes and Commercially Available Species

https://pubs.acs.org/doi/10.1021/jp507152j

Materials genomics methods for high-throughput construction of COFs and targeted synthesis

https://www.nature.com/articles/s41467-018-07720-x

Exploring the structure-property relationships of covalent organic frameworks for noble gas separations

https://doi.org/10.1016/j.ces.2017.05.004

[lipelopesoliveira]

Cyano Substituent on the Olefin Linkage: Promoting Rather than Inhibiting the Performance of Covalent Organic Frameworks

Yongliang Yang, Na Luo, Shiyun Lin, Huan Yao, and Yaqi Cai*

ACS Catal. 2022, 12, XXX, 10718–10726