关于数据预处理 - Githubissues

Lareina2441 commented 4 months ago

李老师，好久没联系了，这次又有问题需要咨询您了！

这段时间我们努力从零开始学习预处理。经过亿点点查资料，下载了fsl、设置了fsl到ide的环境变量、并且调用了fsl的fslmath函数来进行去噪、用fast函数来偏置场矫正，好像结果还可以诶！

但是，偏置场矫正后输出了好几个不同的文件，每个输入的nii文件都得到bias_corrected_pve0,bias_corrected_pve1,bias_corrected_pve2,bias_corrected_pveseg,bias_corrected_mixeltype,bias_corrected_seg0，bias_corrected_seg1bias_corrected_seg2这几个文件，我不知道他们的意思，不过ChatGPT说是这样的：

bias_corrected_pve0.nii.gz：代表背景（如脑脊液）的概率图（Partial Volume Estimate, PVE）。 bias_corrected_pve1.nii.gz：代表灰质的概率图。 bias_corrected_pve2.nii.gz：代表白质的概率图。 bias_corrected_pveseg.nii.gz：包含所有组织类型的概率图，用于分割。 bias_corrected_mixeltype.nii.gz：包含混合体素（mixel type）信息。 bias_corrected_seg.nii.gz：包含所有组织的硬分割（Hard Segmentation）图。 bias_corrected_seg0.nii.gz：代表背景（如脑脊液）的硬分割图。 bias_corrected_seg1.nii.gz：代表灰质的硬分割图。 bias_corrected_seg2.nii.gz：代表白质的硬分割图。

然后我不知道海马体怎么看，CHatGPT又说我应该使用“bias_corrected_pve1.nii.gz：代表灰质的概率图” 来做后续的配准和ROI提取

我不是很确定它给出的答案，所以来咨询您，我这样做是对的吗？期待您的回答~

Lareina2441 commented 4 months ago

李老师，还有一个问题，resize到128，128，128的大小应该用哪个函数啊？我试了fslresize，resize，crop，slice等等一大堆函数，都没成功呜呜呜，查谷歌也查不到

lixw777 commented 4 months ago

预处理代码已添加了

Lareina2441 commented 4 months ago

谢谢您，老师！

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发件人: Xinwei Li @.> 发送时间: Tuesday, June 11, 2024 4:14:04 PM 收件人: lixw777/Syn_SegNet @.> 抄送: 张蕾 @.>; Author @.> 主题: Re: [lixw777/Syn_SegNet] 关于数据预处理 (Issue #2)

预处理代码已添加了

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lixw777 / Syn_SegNet

关于数据预处理 #2