Closed gledisonteixeira closed 3 years ago
Qual a mensagem que está na tela quando ele trava?
Sempre que fazemos modificações no código do Machado, eu executo o machado-docker para testar e funcionou sem problemas.
Tem uma etapa da instalação do JBrowse, chamada Installing Perl prerequesites ...
que é demorada. No último teste que eu fiz levou aproximadamente 6 minutos. Mas não encontrei nenhuma mensagem de erro que causasse a interrupção da instalação.
Boa noite, desde ja agradeço a ajuda,
segue abaixo o log de erro:
Step 30/36 : RUN chmod a+x /opt/machado/bin/wait-for-it.sh ---> Using cache ---> 96cc2e72ddc8 Step 31/36 : RUN wget https://github.com/GMOD/jbrowse/releases/download/1.16.9-release/JBrowse-1.16.9.zip && unzip JBrowse-1.16.9.zip && rm JBrowse-1.16.9.zip && mv JBrowse-1.16.9 /var/www/html/jbrowse && mkdir /var/www/html/jbrowse/data && chown -R ${USER} /var/www/html/jbrowse ---> Running in 63c7ae7ea665 --2021-07-21 23:12:34-- https://github.com/GMOD/jbrowse/releases/download/1.16.9-release/JBrowse-1.16.9.zip Resolving github.com (github.com)... 140.82.114.3 Connecting to github.com (github.com)|140.82.114.3|:443... connected. HTTP request sent, awaiting response... 302 Found Location: https://github-releases.githubusercontent.com/108695/a9b2a400-9b4f-11ea-8e82-2f5f80b4568a?X-Amz-Algorithm=AWS4-HMAC-SHA256&X-Amz-Credential=AKIAIWNJYAX4CSVEH53A%2F20210721%2Fus-east-1%2Fs3%2Faws4_request&X-Amz-Date=20210721T231235Z&X-Amz-Expires=300&X-Amz-Signature=5b71e3f29bb21a46da7eed6c67c8e816348d647a27a5ad6b34a2b375e66fc84a&X-Amz-SignedHeaders=host&actor_id=0&key_id=0&repo_id=108695&response-content-disposition=attachment%3B%20filename%3DJBrowse-1.16.9.zip&response-content-type=application%2Foctet-stream [following] --2021-07-21 23:12:35-- https://github-releases.githubusercontent.com/108695/a9b2a400-9b4f-11ea-8e82-2f5f80b4568a?X-Amz-Algorithm=AWS4-HMAC-SHA256&X-Amz-Credential=AKIAIWNJYAX4CSVEH53A%2F20210721%2Fus-east-1%2Fs3%2Faws4_request&X-Amz-Date=20210721T231235Z&X-Amz-Expires=300&X-Amz-Signature=5b71e3f29bb21a46da7eed6c67c8e816348d647a27a5ad6b34a2b375e66fc84a&X-Amz-SignedHeaders=host&actor_id=0&key_id=0&repo_id=108695&response-content-disposition=attachment%3B%20filename%3DJBrowse-1.16.9.zip&response-content-type=application%2Foctet-stream Resolving github-releases.githubusercontent.com (github-releases.githubusercontent.com)... 185.199.108.154, 185.199.111.154, 185.199.109.154, ... Connecting to github-releases.githubusercontent.com (github-releases.githubusercontent.com)|185.199.108.154|:443... connected. HTTP request sent, awaiting response... 200 OK Length: 5281124 (5.0M) [application/octet-stream] Saving to: ‘JBrowse-1.16.9.zip’
0K .......... .......... .......... .......... .......... 0% 1.33M 4s
50K .......... .......... .......... .......... .......... 1% 2.67M 3s
100K .......... .......... .......... .......... .......... 2% 626K 5s 150K .......... .......... .......... .......... .......... 3% 2.64M 4s 200K .......... .......... .......... .......... .......... 4% 1.53M 4s 250K .......... .......... .......... .......... .......... 5% 2.35M 3s 300K .......... .......... .......... .......... .......... 6% 2.27M 3s 350K .......... .......... .......... .......... .......... 7% 4.42M 3s 400K .......... .......... .......... .......... .......... 8% 2.53M 3s 450K .......... .......... .......... .......... .......... 9% 3.21M 3s 500K .......... .......... .......... .......... .......... 10% 2.95M 2s 550K .......... .......... .......... .......... .......... 11% 3.13M 2s 600K .......... .......... .......... .......... .......... 12% 3.37M 2s 650K .......... .......... .......... .......... .......... 13% 3.50M 2s 700K .......... .......... .......... .......... .......... 14% 4.58M 2s 750K .......... .......... .......... .......... .......... 15% 1.53M 2s 800K .......... .......... .......... .......... .......... 16% 3.91M 2s 850K .......... .......... .......... .......... .......... 17% 19.8M 2s 900K .......... .......... .......... .......... .......... 18% 1.89M 2s 950K .......... .......... .......... .......... .......... 19% 2.87M 2s 1000K .......... .......... .......... .......... .......... 20% 2.02M 2s 1050K .......... .......... .......... .......... .......... 21% 2.48M 2s 1100K .......... .......... .......... .......... .......... 22% 2.13M 2s 1150K .......... .......... .......... .......... .......... 23% 5.18M 2s 1200K .......... .......... .......... .......... .......... 24% 3.97M 2s 1250K .......... .......... .......... .......... .......... 25% 13.4M 2s 1300K .......... .......... .......... .......... .......... 26% 3.12M 2s 1350K .......... .......... .......... .......... .......... 27% 3.32M 1s 1400K .......... .......... .......... .......... .......... 28% 3.86M 1s 1450K .......... .......... .......... .......... .......... 29% 3.81M 1s 1500K .......... .......... .......... .......... .......... 30% 5.39M 1s 1550K .......... . 30% 2.32M=0.6s
2021-07-21 23:28:11 (2.56 MB/s) - Read error at byte 1598559/5281124 (Success). Retrying.
--2021-07-21 23:28:12-- (try: 2) https://github-releases.githubusercontent.com/108695/a9b2a400-9b4f-11ea-8e82-2f5f80b4568a?X-Amz-Algorithm=AWS4-HMAC-SHA256&X-Amz-Credential=AKIAIWNJYAX4CSVEH53A%2F20210721%2Fus-east-1%2Fs3%2Faws4_request&X-Amz-Date=20210721T231235Z&X-Amz-Expires=300&X-Amz-Signature=5b71e3f29bb21a46da7eed6c67c8e816348d647a27a5ad6b34a2b375e66fc84a&X-Amz-SignedHeaders=host&actor_id=0&key_id=0&repo_id=108695&response-content-disposition=attachment%3B%20filename%3DJBrowse-1.16.9.zip&response-content-type=application%2Foctet-stream Connecting to github-releases.githubusercontent.com (github-releases.githubusercontent.com)|185.199.108.154|:443... connected. HTTP request sent, awaiting response... 403 Forbidden 2021-07-21 23:28:13 ERROR 403: Forbidden.
ERROR: Service 'machado' failed to build: The command '/bin/sh -c wget https://github.com/GMOD/jbrowse/releases/download/1.16.9-release/JBrowse-1.16.9.zip && unzip JBrowse-1.16.9.zip && rm JBrowse-1.16.9.zip && mv JBrowse-1.16.9 /var/www/html/jbrowse && mkdir /var/www/html/jbrowse/data && chown -R ${USER} /var/www/html/jbrowse' returned a non-zero code: 8 machado@machado:~/machado-docker$ machado@machado:~/machado-docker$ machado@machado:~/machado-docker$ date Wed Jul 21 20:29:09 -03 2021 machado@machado:~/machado-docker$
Que estranho. Por algum motivo, sua máquina não está conseguindo baixar o arquivo do jbrowse. Você consegue baixar esse arquivo https://github.com/GMOD/jbrowse/releases/download/1.16.9-release/JBrowse-1.16.9.zip usando wget?
pelo wget foi, por isso que abri o issue para ver se tem algum problema com a instalação com o docker file,
tenho maquinas virtuais aqui e todas que tento trava, há algum tempo atras conseguia instalar tranquilo, ( ele travava mas quando tentava novamente ou algumas tentativas ele destravava, porem agora nao passa do passo 31 )
os parametros de instalação do docker estao abaixo, sigo de acordo ao repositorio docker-machado
se puder me ajudar agradeço,
*** CREATE VM DISk 40GB mem 2gb install VM ubuntu
sudo apt-get update sudo apt-get upgrade
*** CRIAR USER
sudo adduser machado passwd machado sudo su - machado
*** INSTALL DOCKER
sudo apt install apt-transport-https ca-certificates curl software-properties-common curl -fsSL https://download.docker.com/linux/ubuntu/gpg | sudo apt-key add - sudo add-apt-repository "deb [arch=amd64] https://download.docker.com/linux/ubuntu bionic stable" sudo apt install docker-ce sudo systemctl status docker sudo docker ps
*** INSTALL DOCKER-COMPOSE
sudo curl -L https://github.com/docker/compose/releases/download/1.21.2/docker-compose-`uname -s-
uname -m` -o /usr/local/bin/docker-compose
sudo chmod +x /usr/local/bin/docker-compose
docker-compose --version
sudo usermod -aG docker $USER
*** INSTALL MACHADO
git clone https://github.com/lmb-embrapa/machado-docker.git cd machado-docker
mkdir ./data/pgdata mkdir ./data/ecdata mkdir ./data/jbdata
edit o .env with user of the database and user use machado usuario do banco e usuario de uso do machado
UID=1000 USER=machado POSTGRES_DB=machadosample POSTGRES_USER=postgres POSTGRES_PASSWORD=postgres MACHADO_SOURCE=https://github.com/lmb-embrapa/machado.git MACHADO_PROJECT=machadosample
*** CONFIG MEMORY
/etc/sysctl.conf vm.max_map_count=262144
*** RESTART MACHINE init 6
*** START MACHADO cd machado-docker nohup docker-compose up --build --force-recreate &
Adhemar, boa noite
RESOLVIDO ...
fui tentando ate uma hora que baixou, ate tentei em outra maquina virtual, travou mas depois de diversas tentativas foi ...
desde ja agradeço a pronta ajuda,
muito obrigado,
Att, Gledison
Não consigo imaginar o que pode ter sido a causa do problema. Talvez permissão do usuário que você criou. Eu costumo apagar a imagem: docker rmi machado-docker_machado
, para o docker-compose criá-la do zero.
Enfim, que bom que deu certo !
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Setup
Python version: processo de instalaçao Operating system: Ubunto 18
(Please copy and run the above in your Python, and copy-and-paste the output)
Expected behaviour
(Please fill this in)
Actual behaviour
Caros, estou tentando instalar o machado docker ele trava ao tentar baixar o Jbrowse, ja estou tentando a 3 dias sem sucesso, poderiam me ajudar a verificar a causa do travamento
obrigado