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Erro ao baixar Jbrowse Machado-docker #326

Closed gledisonteixeira closed 3 years ago

gledisonteixeira commented 3 years ago

Setup

Python version: processo de instalaçao Operating system: Ubunto 18

import sys; print(sys.version)
import platform; print(platform.python_implementation()); print(platform.platform())

(Please copy and run the above in your Python, and copy-and-paste the output)

Expected behaviour

(Please fill this in)

Actual behaviour

Caros, estou tentando instalar o machado docker ele trava ao tentar baixar o Jbrowse, ja estou tentando a 3 dias sem sucesso, poderiam me ajudar a verificar a causa do travamento

obrigado

azneto commented 3 years ago

Qual a mensagem que está na tela quando ele trava? Sempre que fazemos modificações no código do Machado, eu executo o machado-docker para testar e funcionou sem problemas. Tem uma etapa da instalação do JBrowse, chamada Installing Perl prerequesites ... que é demorada. No último teste que eu fiz levou aproximadamente 6 minutos. Mas não encontrei nenhuma mensagem de erro que causasse a interrupção da instalação.

gledisonteixeira commented 3 years ago

Boa noite, desde ja agradeço a ajuda,

segue abaixo o log de erro:

Step 30/36 : RUN chmod a+x /opt/machado/bin/wait-for-it.sh ---> Using cache ---> 96cc2e72ddc8 Step 31/36 : RUN wget https://github.com/GMOD/jbrowse/releases/download/1.16.9-release/JBrowse-1.16.9.zip && unzip JBrowse-1.16.9.zip && rm JBrowse-1.16.9.zip && mv JBrowse-1.16.9 /var/www/html/jbrowse && mkdir /var/www/html/jbrowse/data && chown -R ${USER} /var/www/html/jbrowse ---> Running in 63c7ae7ea665 --2021-07-21 23:12:34-- https://github.com/GMOD/jbrowse/releases/download/1.16.9-release/JBrowse-1.16.9.zip Resolving github.com (github.com)... 140.82.114.3 Connecting to github.com (github.com)|140.82.114.3|:443... connected. HTTP request sent, awaiting response... 302 Found Location: https://github-releases.githubusercontent.com/108695/a9b2a400-9b4f-11ea-8e82-2f5f80b4568a?X-Amz-Algorithm=AWS4-HMAC-SHA256&X-Amz-Credential=AKIAIWNJYAX4CSVEH53A%2F20210721%2Fus-east-1%2Fs3%2Faws4_request&X-Amz-Date=20210721T231235Z&X-Amz-Expires=300&X-Amz-Signature=5b71e3f29bb21a46da7eed6c67c8e816348d647a27a5ad6b34a2b375e66fc84a&X-Amz-SignedHeaders=host&actor_id=0&key_id=0&repo_id=108695&response-content-disposition=attachment%3B%20filename%3DJBrowse-1.16.9.zip&response-content-type=application%2Foctet-stream [following] --2021-07-21 23:12:35-- https://github-releases.githubusercontent.com/108695/a9b2a400-9b4f-11ea-8e82-2f5f80b4568a?X-Amz-Algorithm=AWS4-HMAC-SHA256&X-Amz-Credential=AKIAIWNJYAX4CSVEH53A%2F20210721%2Fus-east-1%2Fs3%2Faws4_request&X-Amz-Date=20210721T231235Z&X-Amz-Expires=300&X-Amz-Signature=5b71e3f29bb21a46da7eed6c67c8e816348d647a27a5ad6b34a2b375e66fc84a&X-Amz-SignedHeaders=host&actor_id=0&key_id=0&repo_id=108695&response-content-disposition=attachment%3B%20filename%3DJBrowse-1.16.9.zip&response-content-type=application%2Foctet-stream Resolving github-releases.githubusercontent.com (github-releases.githubusercontent.com)... 185.199.108.154, 185.199.111.154, 185.199.109.154, ... Connecting to github-releases.githubusercontent.com (github-releases.githubusercontent.com)|185.199.108.154|:443... connected. HTTP request sent, awaiting response... 200 OK Length: 5281124 (5.0M) [application/octet-stream] Saving to: ‘JBrowse-1.16.9.zip’

 0K .......... .......... .......... .......... ..........  0% 1.33M 4s
50K .......... .......... .......... .......... ..........  1% 2.67M 3s

100K .......... .......... .......... .......... .......... 2% 626K 5s 150K .......... .......... .......... .......... .......... 3% 2.64M 4s 200K .......... .......... .......... .......... .......... 4% 1.53M 4s 250K .......... .......... .......... .......... .......... 5% 2.35M 3s 300K .......... .......... .......... .......... .......... 6% 2.27M 3s 350K .......... .......... .......... .......... .......... 7% 4.42M 3s 400K .......... .......... .......... .......... .......... 8% 2.53M 3s 450K .......... .......... .......... .......... .......... 9% 3.21M 3s 500K .......... .......... .......... .......... .......... 10% 2.95M 2s 550K .......... .......... .......... .......... .......... 11% 3.13M 2s 600K .......... .......... .......... .......... .......... 12% 3.37M 2s 650K .......... .......... .......... .......... .......... 13% 3.50M 2s 700K .......... .......... .......... .......... .......... 14% 4.58M 2s 750K .......... .......... .......... .......... .......... 15% 1.53M 2s 800K .......... .......... .......... .......... .......... 16% 3.91M 2s 850K .......... .......... .......... .......... .......... 17% 19.8M 2s 900K .......... .......... .......... .......... .......... 18% 1.89M 2s 950K .......... .......... .......... .......... .......... 19% 2.87M 2s 1000K .......... .......... .......... .......... .......... 20% 2.02M 2s 1050K .......... .......... .......... .......... .......... 21% 2.48M 2s 1100K .......... .......... .......... .......... .......... 22% 2.13M 2s 1150K .......... .......... .......... .......... .......... 23% 5.18M 2s 1200K .......... .......... .......... .......... .......... 24% 3.97M 2s 1250K .......... .......... .......... .......... .......... 25% 13.4M 2s 1300K .......... .......... .......... .......... .......... 26% 3.12M 2s 1350K .......... .......... .......... .......... .......... 27% 3.32M 1s 1400K .......... .......... .......... .......... .......... 28% 3.86M 1s 1450K .......... .......... .......... .......... .......... 29% 3.81M 1s 1500K .......... .......... .......... .......... .......... 30% 5.39M 1s 1550K .......... . 30% 2.32M=0.6s

2021-07-21 23:28:11 (2.56 MB/s) - Read error at byte 1598559/5281124 (Success). Retrying.

--2021-07-21 23:28:12-- (try: 2) https://github-releases.githubusercontent.com/108695/a9b2a400-9b4f-11ea-8e82-2f5f80b4568a?X-Amz-Algorithm=AWS4-HMAC-SHA256&X-Amz-Credential=AKIAIWNJYAX4CSVEH53A%2F20210721%2Fus-east-1%2Fs3%2Faws4_request&X-Amz-Date=20210721T231235Z&X-Amz-Expires=300&X-Amz-Signature=5b71e3f29bb21a46da7eed6c67c8e816348d647a27a5ad6b34a2b375e66fc84a&X-Amz-SignedHeaders=host&actor_id=0&key_id=0&repo_id=108695&response-content-disposition=attachment%3B%20filename%3DJBrowse-1.16.9.zip&response-content-type=application%2Foctet-stream Connecting to github-releases.githubusercontent.com (github-releases.githubusercontent.com)|185.199.108.154|:443... connected. HTTP request sent, awaiting response... 403 Forbidden 2021-07-21 23:28:13 ERROR 403: Forbidden.

ERROR: Service 'machado' failed to build: The command '/bin/sh -c wget https://github.com/GMOD/jbrowse/releases/download/1.16.9-release/JBrowse-1.16.9.zip && unzip JBrowse-1.16.9.zip && rm JBrowse-1.16.9.zip && mv JBrowse-1.16.9 /var/www/html/jbrowse && mkdir /var/www/html/jbrowse/data && chown -R ${USER} /var/www/html/jbrowse' returned a non-zero code: 8 machado@machado:~/machado-docker$ machado@machado:~/machado-docker$ machado@machado:~/machado-docker$ date Wed Jul 21 20:29:09 -03 2021 machado@machado:~/machado-docker$

azneto commented 3 years ago

Que estranho. Por algum motivo, sua máquina não está conseguindo baixar o arquivo do jbrowse. Você consegue baixar esse arquivo https://github.com/GMOD/jbrowse/releases/download/1.16.9-release/JBrowse-1.16.9.zip usando wget?

gledisonteixeira commented 3 years ago

pelo wget foi, por isso que abri o issue para ver se tem algum problema com a instalação com o docker file,

tenho maquinas virtuais aqui e todas que tento trava, há algum tempo atras conseguia instalar tranquilo, ( ele travava mas quando tentava novamente ou algumas tentativas ele destravava, porem agora nao passa do passo 31 )

os parametros de instalação do docker estao abaixo, sigo de acordo ao repositorio docker-machado

se puder me ajudar agradeço,

*** CREATE VM DISk 40GB mem 2gb install VM ubuntu

sudo apt-get update sudo apt-get upgrade

*** CRIAR USER

sudo adduser machado passwd machado sudo su - machado

*** INSTALL DOCKER

sudo apt install apt-transport-https ca-certificates curl software-properties-common curl -fsSL https://download.docker.com/linux/ubuntu/gpg | sudo apt-key add - sudo add-apt-repository "deb [arch=amd64] https://download.docker.com/linux/ubuntu bionic stable" sudo apt install docker-ce sudo systemctl status docker sudo docker ps

*** INSTALL DOCKER-COMPOSE

sudo curl -L https://github.com/docker/compose/releases/download/1.21.2/docker-compose-`uname -s-uname -m` -o /usr/local/bin/docker-compose sudo chmod +x /usr/local/bin/docker-compose docker-compose --version sudo usermod -aG docker $USER

*** INSTALL MACHADO

git clone https://github.com/lmb-embrapa/machado-docker.git cd machado-docker

mkdir ./data/pgdata mkdir ./data/ecdata mkdir ./data/jbdata

edit o .env with user of the database and user use machado usuario do banco e usuario de uso do machado

UID=1000 USER=machado POSTGRES_DB=machadosample POSTGRES_USER=postgres POSTGRES_PASSWORD=postgres MACHADO_SOURCE=https://github.com/lmb-embrapa/machado.git MACHADO_PROJECT=machadosample

*** CONFIG MEMORY

/etc/sysctl.conf vm.max_map_count=262144

*** RESTART MACHINE init 6

*** START MACHADO cd machado-docker nohup docker-compose up --build --force-recreate &

gledisonteixeira commented 3 years ago

Adhemar, boa noite

RESOLVIDO ...

fui tentando ate uma hora que baixou, ate tentei em outra maquina virtual, travou mas depois de diversas tentativas foi ...

desde ja agradeço a pronta ajuda,

muito obrigado,

Att, Gledison

azneto commented 3 years ago

Não consigo imaginar o que pode ter sido a causa do problema. Talvez permissão do usuário que você criou. Eu costumo apagar a imagem: docker rmi machado-docker_machado, para o docker-compose criá-la do zero.

Enfim, que bom que deu certo !

azneto commented 3 years ago

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