Configuração pagina inicial

[gledisonteixeira]

Caro Adhemar, boa tarde tudo bem?

estou finalizando meu trabalho e precisava editar a pagina inicial colocar nome do banco e explicar um pouco sobre meu banco na página inicial do machado,

aonde posso editar a pagina inicial do machado?

Obrigado

Gledison

[azneto]

Tudo bem, Gledison. Textos e formatações de página são feitas nos arquivos do diretório templates. O arquivo da página inicial em específico é o index.html

[gledisonteixeira]

Ola Adhemar, boa tarde, espero que esteja bem,

perdoa a ignorancia, mas nao encontrei nenhum diretorio dentro do machado-docker chamado templates, naveguei por todas os diretorios, o docker e os containers estão no ar, poderia me informar qual caminho completo para mim chegar nos templates?

novamente perdoa a ignorancia, mas de fato nao estou encontrando

espero que possa me ajudar,

abraços

Gledison

[azneto]

Não esquenta, Gledison. O diretório template está no repositório do github: https://github.com/lmb-embrapa/machado/blob/master/machado/templates/index.html

Você pode fazer um fork para a sua conta do github e alterá-los. Depois você deve alterar o arquivo .env para apontar para o seu fork (variável MACHADO_SOURCE). Desta forma, o docker-compose irá construir a sua instância do machado usando o código do seu repositório.

Qualquer dúvida, não hesite em escrever.

[gledisonteixeira]

opa Adhemar,

então fiz o fork pro meu repositorio, e apontei o .env para meu repositorio,

porem quando mudo no meu repositorio o index.html do diretorio templates ele nao muda a pagina incial do meu machado,

sera que tenho que fazer outra configuração?

obrigado pela ajuda,,

At.te

Gledison

[azneto]

Provavelmente o docker está usando a imagem que havia sido gerada com o repositório do machado. Tente gerar uma nova imagem.

Para apagar o container: docker rm machado_container Para apagar a imagem: docker rmi machado-docker_machado Para gerar uma nova: docker-compose up --build --force-recreate

[gledisonteixeira]

Adhemar, boa noite,

fiz o fork para meu repositório e consegui editar a pagina index.html para a pagina inicial,

o trabalho é sobre o fungo MALASSEZIA e tem diversos genomas, estamos com mais uma dúvida,

gostaria de para cada organismo poder abrir uma imagem, tipo cada organismo vai abrir a tela dos dados ae em cima gostaria de colocar, teria como fazer isso?

[azneto]

Tem sim, Gledison. Esses arquivos .html são apenas uma sugestão de interface para o banco de dados desenvolvida com o Django Templates (https://docs.djangoproject.com/en/4.2/ref/templates/language/). Fique a vontade para modificá-la.

[gledisonteixeira]

Adhemar deixa eu ver e entendi,

por exemplo tenho o organismo Aradopsis e Malassezia, ae o data sumary aparece os dois organismos,

quando abrir Aradopsis ele abre uma pagina de fundo so para o Aradopsis, ou ele pega um principal e replica em todo o organismos,

teria que ser uma só para o Aradopsis, se for so para o aradopsis ele guarda em algum lugar, ou se for padrão ele puxa de algum principal,

espero ter me expressado corretamente,

então a duvida é quando registro um organismo ele abre um diretório para cada ou puxa de um principal o fundo?

se for para cada organismo consigo colocar a imagem para cada

agora se for de um principal consigo editar algo mas universal

[azneto]

A interface do sistema foi implementada de forma que todo o conteúdo do banco de dados seja exibido. Não existe distinção de organismo.

Exemplo: https://www.machado.cnptia.embrapa.br https://www.machado.cnptia.embrapa.br/plantannot2

Para exibir dados de apenas um organismo, o ideal seria carregar cada organismo em sua própria instância do machado. Desta forma você ganharia desempenho já que o banco de dados conteria menos registros, além de possibilitar a atualização dos dados de um organismo sem afetar os demais. Não vejo qual seria a necessidade de guardar diferentes organismos em um mesmo banco de dados caso o objetivo é exibí-los separadamente.

De qualquer forma, para exibir uma interface diferente para cada organismo carregado no mesmo banco, seria necessário modificar os templates ou implementar uma nova interface.

[gledisonteixeira]

Ok, Adhemar, vamos manter apenas com um mesmo,

uma duvida como faço para limpar a instalação por completo,

Para apagar o container: docker rm machado_container Para apagar a imagem: docker rmi machado-docker_machado

faço isso porem to tomando erro do elastich apos a edição,

queria limpar tudo e refazer a instalaçaõ do machado sem ter que refazer a VM

obrigado

Obs: cosegui adhemar

docker system prune -a

porque assim que edito a pagina inicial deleto o machado-docker_machado

ae ele da erro no elastich ele ate sobe mas nao pesquisa nada

[azneto]

Além de apagar os containers e as imagens, você precisa apagar os diretórios de dados.

elasticsearch -> ./data/ecdata postgresql -> ./data/pgdata jbrowse -> ./data/jbdata machado -> ./machadosample (variável MACHADO_PROJECT do arquivo .env)

Para começar do zero, você pode criar um novo diretório e deixar os velhos como backup.

[gledisonteixeira]

Adhermar, boa tarde

fiz assim:

REPOSITORY TAG IMAGE ID CREATED SIZE machado-docker_machado latest 96c668456b55 6 minutes ago 1.3GB none> none> e83eeb68ae1a 4 weeks ago 1.3GB postgres 13 b9c0a694b781 5 weeks ago 374MB ubuntu focal 61c45d0e9798 5 weeks ago 72.8MB elasticsearch 7.17.9 7e1effda4391 2 months ago 620MB

as imagens none> sao as que sao feitas quando mudado o .env MACHADO_SOURCE,

ae mudei uma vez pro meu repo e depois pro seu criou duas imagens none> ae apaguei todas none> e nao apaguei a machado-docker_machado ae apontei pro meu repo e criou certinho ... uma none> que é essa acima (perdi os logs anteriores)

mas valeu, por enquanto é so isso quiz te avisar como fazer caso alguem tenha duvida,

obrigado