使用内置pymol求对接前后配体的RMSD值时，出现问题

[qq764543440]

我想在dockey中，直观的比较配体对接前后，相对于目标受体的位置变化，因此想到如下操作。

导入受体1wma，导入配体obj1，对接平台autodock4，参数为默认值。 对接完成后，poses栏中，单击best poses。 在pymol命令栏，输入fetch 1wma导入初始蛋白，在sequence中选择原位置的目标配体，提取为obj01。 显示complex结果，obj01，隐藏1wma初始蛋白。

问题1：以上，可以是否可以反映出直观比较配体对接前后，相对位置的变化呢？

我输入 align complex, obj01
提示错误代码： PyMOL>PyMOL>align obj01, obj02 Match-Error: unable to open matrix file 'C:\Program Files (x86)\Dockey\pymol\pymol_path\data/pymol/matrices/BLOSUM62'.

并且，我复制了一份complex也不能解决这个问题，但是我导出complex的pdb文件，在pymol 2.5 平台上可以实现以下代码：

PyMOL>align 1wma-r, obj01 Match: read scoring matrix. Match: assigning 276 x 1 pairwise scores. MatchAlign: aligning residues (276 vs 1)... MatchAlign: score 5.000 ExecutiveAlign: 27 atoms aligned. ExecutiveRMS: 1 atoms rejected during cycle 1 (RMSD=2.97). Executive: RMSD = 2.734 (26 to 26 atoms)

这是在分子对接中常用来计算RMSD值的代码。

问题2：作者可否加入自动计算RMSD值的脚本，这样真的会方便很多，因为autodock引擎计算的rRMSD和cRMSD值通常不作为参考数据。

[lmdu]

谢谢你的反馈和提意，我在下个版本中修复

[lmdu]

已经在v0.10.2中修复了不能使用pymol align的问题。加入自动计算RMSD值的脚本也是可以实现的，不过你能不能具体描述一下，要实现的这个功能是怎么样的，具体你想要怎样的一种操作方式，如何展示结果等，谢谢。