Open RuikangSun opened 9 months ago
你用的哪一个版本,pdbfixer和pdb2pqr没什么影响,只是有的时候蛋白受体,对接不上,才用来修复
你用的哪一个版本,pdbfixer和pdb2pqr没什么影响,只是有的时候蛋白受体,对接不上,才用来修复
0.10.2
你方便把.dock项目文件发给我调试不呢
你方便把.dock项目文件发给我调试不呢
非常感谢!我刚刚想到可能是Meeko读取sdf文件的问题,但使用Ligand导入功能,从CHEMBL直接导入,仍然有这种情况。dock文件附上:
你的电脑是不是安装过openbabel,我看到导入的分子没有获取到信息,如果是的话,这是一个BUG,我还没找到解决办法。只要把安装的openbabel卸载,重启,然后重新导入分子就好了
你的电脑是不是安装过openbabel,我看到导入的分子没有获取到信息,如果是的话,这是一个BUG,我还没找到解决办法。只要把安装的openbabel卸载,重启,然后重新导入分子就好了
是的,非常感谢!这似乎是是一个动态链接库的问题。先前开启dockey会遇到如图所示的弹窗,卸载openbabel就没有这个弹窗了。但之前没有考虑到Openbabel会导致无法显示pose的问题。
刚刚测试了一下,尝试卸载OpenBabel,重装Dockey,重启电脑,重新提交任务,可以正常使用了。
好的,这个我还在寻求方法解决,目前只能卸载openbabel
杜老师您好!使用Dockey时,出现了无法显示docking pose,无法显示interactions的问题。双击poses中的项目无法显示对接结构,如图所示:
且此时选择“Save selected pose",导出的PDB文件大小为0字节(文件属性中如此显示),使用记事本打开为空白内容。
先前其他项目的对接中,docking pose和interactions是可以显示的。尚不清楚何种设置导致了这个问题,但怀疑与pdbfixer和pdb2pqr的取消勾选有关。在此项目中,勾选pdbfixer和pdb2pqr后,无法成功运行对接。
谢谢!