Set_controls() sollte als zweites stehen, da es für prepare_data() wichtig ist. Klarstellen: An object of class RprobitB_controls oder fHMM_controls?
prepare_data() sollte als drittes stehen, weil hierbei erst die class fHMM_data eingeführt wird, was man für das jetzt zweite plot braucht. Das könnte verwirren
Decode_state: ich würde „the most likely” state sequence schreiben. Rprobit_B unklar
fHMM_events(): mir wäre nicht ganz klar, was diese Funktion genau macht. Prüft sie gegeben Events, dass diese passend sind zum Einlesen?
fHMM_parameters: A tpm of dimension controls$states[1]. – tpm würde ich ausschreiben. Unterschied mu/mus_star wird nicht klar